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francesscototti至尊木虫 (职业作家)
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aoutodock计算中binding energy的问题
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| 我在模拟一类同系物（不同碳链长度）与蛋白作用的时候，选取了每种小分子配体的能量最低构象，然后将小分子配体与蛋白的结合能进行了排序。我的问题是，binding energy的最小差异为多少时，可以认为一种化合物（能量较低）比另一种化合物（能量较高）与该蛋白的结合能力更强？ |
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 Autodock |
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2楼2012-11-30 17:31:19
lrf1980
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【答案】应助回帖
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francesscototti: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-12-03 11:38:04
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| 对于同系物的能量，如果是autodock的计算值的话，不能单纯看binding energy吧。在binding energy summary理还有一个旋转所需要的能量，有的时候碳链越长这个能量越高。个人认为如果这个能够很高的时候，即便你算出来的能量比较高。但是也很容易得到错误判断，因为很有可能，分子自身没有足够的能力克服旋转所需的能量达到计算所用的构象。实验试验才是检验真理的唯一标准啊。 |
3楼2012-12-02 11:06:25
francesscototti
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4楼2012-12-03 11:42:50
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| 如果你都有实验数据了，那我觉得你自己应该都可以用实验数据同系物的差值去考察一下autodock计算本身的准确性，当你知道了autodock的准确性后，你也能够清楚的知道autodock 结合能差多少才合理。因为你单纯问结合能差多少是合理的，这个本身意义有限，因为不同的体系和不同的条件下，这个差别合理性的答案应该都是不一样的。对于对接，我觉得应该这么来利用结果。通常实验数据出来后，告诉我们的是一个宏观的结果或者效应。而理论计算通常都是在经过一系列的假设和简化条件下，对某个途径或者机理的近似。如果你的实验结果跟计算结果一致。你能够比较有把握的结论应该是你在做计算的假设和简化基本正确。而不是去追求多大的值差异才是真正的差异。你觉得呢？ |
5楼2012-12-09 17:14:19