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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » aoutodock计算中binding energy的问题
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francesscototti

至尊木虫 (职业作家)

[求助] aoutodock计算中binding energy的问题

我在模拟一类同系物（不同碳链长度）与蛋白作用的时候，选取了每种小分子配体的能量最低构象，然后将小分子配体与蛋白的结合能进行了排序。我的问题是，binding energy的最小差异为多少时，可以认为一种化合物（能量较低）比另一种化合物（能量较高）与该蛋白的结合能力更强？
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1楼 2012-11-30 11:43:25
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francesscototti

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-02 11:06:25
对于同系物的能量，如果是autodock的计算值的话，不能单纯看binding energy吧。在binding energy summary理还有一个旋转所需要的能量，有的时候碳链越长这个能量越高。个人认为如果这个能够很高的时候，即便你算出来 ...

实际上我有实验的数据。我用实验的亲和力数据对同系物进行了排序，然后用autodock进行计算，对同系物结合能进行了排序，发现这两个排序具有一致性。但是审稿人认为我autodock计算的结合能差别不大（有些之间小于1 kcal/mol），这样的排序是否可靠。所以我想搞清楚autodock计算的结合能，通常来讲差别多大算是显著的。
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4楼2012-12-03 11:42:50
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
francesscototti: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-12-01 13:53:46
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-02 12:29:08
这些参数供参考吧！对于虚拟筛选可能得到阳性化合物，对于哪个针对靶点的亲和能力的差异可以通过荧光偏振实验（FPA），酶联免疫吸附（ELSIA）或者等温滴定量热（ITC）来测定相应的Ki值或者Kd值，然后作出结论吧。。。。。。。。
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2楼2012-11-30 17:31:19
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-12-03 11:38:04
对于同系物的能量，如果是autodock的计算值的话，不能单纯看binding energy吧。在binding energy summary理还有一个旋转所需要的能量，有的时候碳链越长这个能量越高。个人认为如果这个能够很高的时候，即便你算出来的能量比较高。但是也很容易得到错误判断，因为很有可能，分子自身没有足够的能力克服旋转所需的能量达到计算所用的构象。实验试验才是检验真理的唯一标准啊。
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3楼2012-12-02 11:06:25
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lrf1980

新虫 (小有名气)
如果你都有实验数据了，那我觉得你自己应该都可以用实验数据同系物的差值去考察一下autodock计算本身的准确性，当你知道了autodock的准确性后，你也能够清楚的知道autodock 结合能差多少才合理。因为你单纯问结合能差多少是合理的，这个本身意义有限，因为不同的体系和不同的条件下，这个差别合理性的答案应该都是不一样的。对于对接，我觉得应该这么来利用结果。通常实验数据出来后，告诉我们的是一个宏观的结果或者效应。而理论计算通常都是在经过一系列的假设和简化条件下，对某个途径或者机理的近似。如果你的实验结果跟计算结果一致。你能够比较有把握的结论应该是你在做计算的假设和简化基本正确。而不是去追求多大的值差异才是真正的差异。你觉得呢？
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5楼2012-12-09 17:14:19
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