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nanjizhou91

木虫 (小有名气)

[求助] DGGE微生物多样性，细菌和真菌引物的选择 已有4人参与

我要做土壤微生物多样性的分析，采用DGGE的方法（好多人建议用高通量，但是本项试验只用测定优势菌即可，故选择DGGE），由于是刚开始接触，很多问题不太了解，有以下疑惑：
1.DGGE之后要进行克隆测序,那么细菌和真菌的引物用哪些好？
2.经典引物338F/518R,好多人都说不能用于测序，那么341、907呢？也有人推荐27、1492？这些引物分别代表哪个区？
3.真菌引物用GC-Fung和NS1能有好的测序效果吗？
急用！！！非常感谢各位大神的鼎力相助！
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期望与虫虫们交流学术问题
1楼 2014-09-23 11:31:40
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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nanjizhou91(dllchina代发): 金币+3, good 2014-09-24 10:01:57
nanjizhou91: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-09-24 10:36:43
1、做DGGE原核微生物多样性分析的引物用的比较多的是：338F和518R (V3区)
     真菌的引物做的比较多的是V4区和ITS（具体引物序列可以查找相关文献）
2、“不能用于测序”这句话，我不是很明白你的意思。341F、907R是V3-V5区，27F、1492R是V1-V9区。
3、这些引物没有用过，具体怎样没法告知。

建议：如果你打算采用DGGE分析土壤微生物多样性的话，扩增片段不要过长或者过短。因为DGGE只能对200-700bp的片段有效地分离，过大或者过小的片段分离效果都不是很好。
以上是本人拙见，供你参考。
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3楼2014-09-24 09:51:35
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by biolinker at 2014-09-24 09:51:35
1、做DGGE原核微生物多样性分析的引物用的比较多的是：338F和518R (V3区)
     真菌的引物做的比较多的是V4区和ITS（具体引物序列可以查找相关文献）
2、“不能用于测序”这句话，我不是很明白你的意思。341F、90 ...

其实是说338  518  扩增的片段太短  用于测序就没多大意义了吧？
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期望与虫虫们交流学术问题
4楼2014-09-24 10:38:11
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)
27F、1492R是V1-V9区  这个多用于菌种鉴定吧？
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期望与虫虫们交流学术问题
5楼2014-09-24 10:38:58
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biolinker

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by nanjizhou91 at 2014-09-24 10:38:11
其实是说338  518  扩增的片段太短  用于测序就没多大意义了吧？...

现在做的最多的还是V3区
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6楼2014-09-24 16:36:41
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