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馨-馨

银虫 (小有名气)

[求助] 怎样通过蛋白质序列寻找DNA序列?求方法啊,急。。。 已有5人参与

本人现在在NCBI上找到一个蛋白质序列,怎样才能找到这个蛋白质的核酸序列?求各位大神支招啊。。。。
目前本人用NTI进行反转,反转出来的核酸序列在NCBI上比对不到我所需要的,我该怎么办?
难道真的要根据密码子偏好性,人工一个一个反转出来吗???
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
馨-馨: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-09-15 20:59:17
鼠标左键单击页面左侧的"CDS",就会出现CDS了。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2014-09-14 14:39:33
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
馨-馨: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-09-15 20:59:30
NCBI的blast里头有一种tblastn,就是用蛋白质找CDS的。http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
3楼2014-09-14 17:51:19
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
馨-馨: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-09-15 20:59:38
1. 选择CDS等和DNA相关的选项
2. 在crossref栏下找
4楼2014-09-15 09:06:24
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
馨-馨: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-09-15 20:59:47
你BLAST之后不是给了一个基因登录号吗?根据这个登录号就可以找到该基因的相关信息啊!
没有做不到,只有想不到!
5楼2014-09-15 15:01:15
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ashine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
馨-馨: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2014-09-18 13:41:46
蛋白质的相关信息在UniProt(www.uniprot.org)中更全面,包含了序列、结构和编码的基因等。用NCBI中蛋白质的登录号可以在UniProt检索到对应的蛋白质,其信息中的Cross-references就有编码的核酸链接。
6楼2014-09-17 10:39:17
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