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xmc!.金虫 (正式写手)
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知道肽序列，如何查找数据库
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| 问题：从水稻中分离、鉴定出一种肽，比如序列是Met-Pro-Ser。现在想验证下我的鉴定结果，想反查水稻的基因序列中是否有这种肽的编码，也就是说Met-Pro-Ser这个肽有没有可能来自水稻。如何查？知道有些数据库，比如SwissProt，但不会用。请指点。不胜感激！ |
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2楼2014-09-03 19:40:15
dinglong178
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5楼2014-09-04 08:42:53
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应该用blastp，1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 |
6楼2014-09-04 09:32:20
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