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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何找到所有蛋白质的AA序列
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blackrosie

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何找到所有蛋白质的AA序列

如何找到人类所有蛋白质的AA序列
我在ncbi里查找人类的蛋白质aa序列，找了60多万种，怎么把真正的PR找出来啊，谁知道有什么好的方法？
谢谢~~
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1楼2012-10-15 21:23:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databa ... _sprot_human.dat.gz
all curated human proteins
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2楼2012-10-15 23:07:15
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blackrosie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-15 23:07:15
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/uniprot_sprot_human.dat.gz
all curated human proteins

非常感谢~
能不能帮我转成fasta格式的啊
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3楼2012-10-16 14:51:26
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by blackrosie at 2012-10-16 14:51:26
非常感谢~
能不能帮我转成fasta格式的啊...

ftp://ftp.uniprot.org/pub/databa ... omes/HUMAN.fasta.gz

Your should have the ability to do a little bit research
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blackrosie
4楼2012-10-16 16:54:27
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blackrosie

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-16 16:54:27
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/proteomes/HUMAN.fasta.gz

Your should have the ability to do a little bit research...

thank you very much
能否告诉我怎么样分类啊？比如按照功能？
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5楼2012-10-16 22:36:25
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流，不过不是所有蛋白质都是酶吧，那就没有EC号了。 2012-11-20 04:40:47
可以去查EC的数据库 这个是和功能相关的
如果是有结构的可以查PDB数据库
没有结构的也有很多
比如如果是糖苷水解酶可以去CAZy数据库
不知道你具体是什么的
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6楼2012-11-19 15:34:21
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

没有EC号 你还可以做同源比对等方法预测一下这个蛋白可能具有的功能
但是也有例外 这个只能是估计

EC的确是酶学分类系统 你可以去找找蛋白分类系统等 不过这个一般都比较大类
试试按照这些分功能会比较号

至于你的蛋白要是分类的话 还可以根据结构 超家族什么的
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7楼2012-11-20 15:37:16
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