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blackrosie

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[求助] 如何找到所有蛋白质的AA序列

如何找到人类所有蛋白质的AA序列
我在ncbi里查找人类的蛋白质aa序列，找了60多万种，怎么把真正的PR找出来啊，谁知道有什么好的方法？
谢谢~~

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1楼 2012-10-15 21:23:59

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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

ftp://ftp.uniprot.org/pub/databa ... _sprot_human.dat.gz
all curated human proteins

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2楼2012-10-15 23:07:15

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blackrosie

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2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-15 23:07:15
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/uniprot_sprot_human.dat.gz
all curated human proteins

非常感谢~
能不能帮我转成fasta格式的啊

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3楼2012-10-16 14:51:26

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【答案】应助回帖

引用回帖:

3楼: Originally posted by blackrosie at 2012-10-16 14:51:26
非常感谢~
能不能帮我转成fasta格式的啊...

ftp://ftp.uniprot.org/pub/databa ... omes/HUMAN.fasta.gz

Your should have the ability to do a little bit research

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

blackrosie

4楼2012-10-16 16:54:27

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blackrosie

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送鲜花一朵

引用回帖:

4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-16 16:54:27
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/proteomes/HUMAN.fasta.gz

Your should have the ability to do a little bit research...

thank you very much
能否告诉我怎么样分类啊？比如按照功能？

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5楼2012-10-16 22:36:25

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【答案】应助回帖

★ ★
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流，不过不是所有蛋白质都是酶吧，那就没有EC号了。 2012-11-20 04:40:47

可以去查EC的数据库这个是和功能相关的
如果是有结构的可以查PDB数据库
没有结构的也有很多
比如如果是糖苷水解酶可以去CAZy数据库
不知道你具体是什么的

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6楼2012-11-19 15:34:21

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【答案】应助回帖

没有EC号你还可以做同源比对等方法预测一下这个蛋白可能具有的功能
但是也有例外这个只能是估计

EC的确是酶学分类系统你可以去找找蛋白分类系统等不过这个一般都比较大类
试试按照这些分功能会比较号

至于你的蛋白要是分类的话还可以根据结构超家族什么的

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7楼2012-11-20 15:37:16

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