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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用PRODRG转化小分子问题
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] 用PRODRG转化小分子问题 已有1人参与

用PRODRG转化小分子时，chirality选yes，charge选full，EM选yes。为什么每次做出来的小分子的GRO文件的数据都不一样呢？求教，谢谢。
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1楼 2014-08-12 14:45:41
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-12 19:16:45
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么

gro文件，（polar/aromatic hydrogens）一次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.655   0.214   0.002
    1PDB  CAA      2   0.602   0.101   0.001
    1PDB  OAM      3   0.674  -0.001  -0.002
    1PDB  CAC      4   0.450   0.089   0.004
    1PDB  CAD      5   0.394  -0.054   0.000
    1PDB  CAE      6   0.256  -0.078   0.000
    1PDB  CAF      7   0.215  -0.213   0.000
    1PDB  HAF      8   0.288  -0.294   0.000
    1PDB  CAG      9   0.078  -0.243   0.000
    1PDB  OAL     10   0.034  -0.372   0.000
    1PDB  HAL     11   0.113  -0.434   0.000
    1PDB  CAH     12  -0.018  -0.139   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.150  -0.171  -0.001
    1PDB  HAK     14  -0.160  -0.271  -0.001
    1PDB  CAI     15   0.022  -0.004   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.052   0.076   0.000
    1PDB  CAJ     17   0.159   0.026   0.000
    1PDB  HAJ     18   0.191   0.130  -0.001
   0.98400   0.98400   0.98400

二次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.434   0.352  -0.002
    1PDB  CAA      2   0.428   0.227  -0.002
    1PDB  OAM      3   0.533   0.160  -0.003
    1PDB  CAC      4   0.291   0.158  -0.001
    1PDB  CAD      5   0.293   0.005  -0.002
    1PDB  CAE      6   0.174  -0.069  -0.001
    1PDB  CAF      7   0.186  -0.210  -0.001
    1PDB  HAF      8   0.285  -0.257  -0.002
    1PDB  CAG      9   0.070  -0.289  -0.001
    1PDB  OAL     10   0.078  -0.425  -0.001
    1PDB  HAL     11   0.174  -0.453  -0.001
    1PDB  CAH     12  -0.057  -0.227   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.168  -0.307   0.000
    1PDB  HAK     14  -0.140  -0.403   0.000
    1PDB  CAI     15  -0.071  -0.087   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.169  -0.041   0.001
    1PDB  CAJ     17   0.046  -0.009  -0.001
    1PDB  HAJ     18   0.036   0.100  -0.001
   0.95500   0.95500   0.95500

每次都不一样呢，这是什么愿意啊，谢谢指导。
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3楼2014-08-15 10:56:27
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么
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gromacs
2楼2014-08-12 19:16:45
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