| 查看: 467 | 回复: 2 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
用PRODRG转化小分子问题 已有1人参与
|
|||
| 用PRODRG转化小分子时，chirality选yes，charge选full，EM选yes。为什么每次做出来的小分子的GRO文件的数据都不一样呢？求教，谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
参与限项
已经有3人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有7人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
不自信的我
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，关于Gromacs生成的水盒子中加小分子。
已经有7人回复
- 有什么方法可以改变分子的偶极矩呢？
已经有10人回复
- 电击转化的问题
已经有11人回复
- gromacs 处理小分子配体，其电荷怎么处理？
已经有8人回复
- 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？
已经有9人回复
- PRODRG转化生成小分子itp文件
已经有11人回复
- 大质粒转化 感受态细胞问题
已经有23人回复
- 小分子pdb格式用prodrg转化为top和gro格式求助
已经有4人回复
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 真菌转化子PCR验证问题
已经有20人回复
- 单酶切的大片段连接转化及多个片段的连接转化问题
已经有8人回复
- 【ME】分子格式转化小程序convert0.2
已经有31人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- 大肠杆菌转化问题
已经有5人回复
- 求助关于转化的问题？
已经有22人回复
- 一个关于感受态转化效率的问题
已经有11人回复
- 目的基因连接pGEX-6p-1进行转化的问题
已经有14人回复
- 【求助】微生物转化的问题
已经有8人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】DH5a转化后涂板时间的问题？
已经有8人回复
|
gro文件，（polar/aromatic hydrogens）一次转化结果： PRODRG COORDS 18 1PDB OAB 1 0.655 0.214 0.002 1PDB CAA 2 0.602 0.101 0.001 1PDB OAM 3 0.674 -0.001 -0.002 1PDB CAC 4 0.450 0.089 0.004 1PDB CAD 5 0.394 -0.054 0.000 1PDB CAE 6 0.256 -0.078 0.000 1PDB CAF 7 0.215 -0.213 0.000 1PDB HAF 8 0.288 -0.294 0.000 1PDB CAG 9 0.078 -0.243 0.000 1PDB OAL 10 0.034 -0.372 0.000 1PDB HAL 11 0.113 -0.434 0.000 1PDB CAH 12 -0.018 -0.139 0.000 1PDB OAK 13 -0.150 -0.171 -0.001 1PDB HAK 14 -0.160 -0.271 -0.001 1PDB CAI 15 0.022 -0.004 0.000 1PDB HAI 16 -0.052 0.076 0.000 1PDB CAJ 17 0.159 0.026 0.000 1PDB HAJ 18 0.191 0.130 -0.001 0.98400 0.98400 0.98400 二次转化结果： PRODRG COORDS 18 1PDB OAB 1 0.434 0.352 -0.002 1PDB CAA 2 0.428 0.227 -0.002 1PDB OAM 3 0.533 0.160 -0.003 1PDB CAC 4 0.291 0.158 -0.001 1PDB CAD 5 0.293 0.005 -0.002 1PDB CAE 6 0.174 -0.069 -0.001 1PDB CAF 7 0.186 -0.210 -0.001 1PDB HAF 8 0.285 -0.257 -0.002 1PDB CAG 9 0.070 -0.289 -0.001 1PDB OAL 10 0.078 -0.425 -0.001 1PDB HAL 11 0.174 -0.453 -0.001 1PDB CAH 12 -0.057 -0.227 0.000 1PDB OAK 13 -0.168 -0.307 0.000 1PDB HAK 14 -0.140 -0.403 0.000 1PDB CAI 15 -0.071 -0.087 0.000 1PDB HAI 16 -0.169 -0.041 0.001 1PDB CAJ 17 0.046 -0.009 -0.001 1PDB HAJ 18 0.036 0.100 -0.001 0.95500 0.95500 0.95500 每次都不一样呢，这是什么愿意啊，谢谢指导。 |
3楼2014-08-15 10:56:27
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-08-12 19:16:45