应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用PRODRG转化小分子问题
31/1返回列表
查看: 533  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] 用PRODRG转化小分子问题 已有1人参与

用PRODRG转化小分子时，chirality选yes，charge选full，EM选yes。为什么每次做出来的小分子的GRO文件的数据都不一样呢？求教，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-12 14:45:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-08-12 19:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-12 19:16:45
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么

gro文件，（polar/aromatic hydrogens）一次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.655   0.214   0.002
    1PDB  CAA      2   0.602   0.101   0.001
    1PDB  OAM      3   0.674  -0.001  -0.002
    1PDB  CAC      4   0.450   0.089   0.004
    1PDB  CAD      5   0.394  -0.054   0.000
    1PDB  CAE      6   0.256  -0.078   0.000
    1PDB  CAF      7   0.215  -0.213   0.000
    1PDB  HAF      8   0.288  -0.294   0.000
    1PDB  CAG      9   0.078  -0.243   0.000
    1PDB  OAL     10   0.034  -0.372   0.000
    1PDB  HAL     11   0.113  -0.434   0.000
    1PDB  CAH     12  -0.018  -0.139   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.150  -0.171  -0.001
    1PDB  HAK     14  -0.160  -0.271  -0.001
    1PDB  CAI     15   0.022  -0.004   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.052   0.076   0.000
    1PDB  CAJ     17   0.159   0.026   0.000
    1PDB  HAJ     18   0.191   0.130  -0.001
   0.98400   0.98400   0.98400

二次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.434   0.352  -0.002
    1PDB  CAA      2   0.428   0.227  -0.002
    1PDB  OAM      3   0.533   0.160  -0.003
    1PDB  CAC      4   0.291   0.158  -0.001
    1PDB  CAD      5   0.293   0.005  -0.002
    1PDB  CAE      6   0.174  -0.069  -0.001
    1PDB  CAF      7   0.186  -0.210  -0.001
    1PDB  HAF      8   0.285  -0.257  -0.002
    1PDB  CAG      9   0.070  -0.289  -0.001
    1PDB  OAL     10   0.078  -0.425  -0.001
    1PDB  HAL     11   0.174  -0.453  -0.001
    1PDB  CAH     12  -0.057  -0.227   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.168  -0.307   0.000
    1PDB  HAK     14  -0.140  -0.403   0.000
    1PDB  CAI     15  -0.071  -0.087   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.169  -0.041   0.001
    1PDB  CAJ     17   0.046  -0.009  -0.001
    1PDB  HAJ     18   0.036   0.100  -0.001
   0.95500   0.95500   0.95500

每次都不一样呢，这是什么愿意啊，谢谢指导。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 10:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 _蝶飞 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜吗？ +12 布布和一二 2026-08-19 13/650 2026-08-19 14:33 by 陈晨晨陈啊
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +8 ziyangfang 2026-08-19 9/450 2026-08-19 13:08 by blacksandy
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +8 kkkl_v 2026-08-19 8/400 2026-08-19 12:34 by Vivilian
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 115/5750 2026-08-19 12:09 by 医学老男孩
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +8 启萌科技 2026-08-12 30/1500 2026-08-19 10:22 by 启萌科技
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭