应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用PRODRG转化小分子问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
31/1返回列表
查看: 497  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] 用PRODRG转化小分子问题 已有1人参与

用PRODRG转化小分子时，chirality选yes，charge选full，EM选yes。为什么每次做出来的小分子的GRO文件的数据都不一样呢？求教，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-12 14:45:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-08-12 19:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-12 19:16:45
给个截图吧，想转化成什么？top还是什么

gro文件，（polar/aromatic hydrogens）一次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.655   0.214   0.002
    1PDB  CAA      2   0.602   0.101   0.001
    1PDB  OAM      3   0.674  -0.001  -0.002
    1PDB  CAC      4   0.450   0.089   0.004
    1PDB  CAD      5   0.394  -0.054   0.000
    1PDB  CAE      6   0.256  -0.078   0.000
    1PDB  CAF      7   0.215  -0.213   0.000
    1PDB  HAF      8   0.288  -0.294   0.000
    1PDB  CAG      9   0.078  -0.243   0.000
    1PDB  OAL     10   0.034  -0.372   0.000
    1PDB  HAL     11   0.113  -0.434   0.000
    1PDB  CAH     12  -0.018  -0.139   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.150  -0.171  -0.001
    1PDB  HAK     14  -0.160  -0.271  -0.001
    1PDB  CAI     15   0.022  -0.004   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.052   0.076   0.000
    1PDB  CAJ     17   0.159   0.026   0.000
    1PDB  HAJ     18   0.191   0.130  -0.001
   0.98400   0.98400   0.98400

二次转化结果：
PRODRG COORDS
   18
    1PDB  OAB      1   0.434   0.352  -0.002
    1PDB  CAA      2   0.428   0.227  -0.002
    1PDB  OAM      3   0.533   0.160  -0.003
    1PDB  CAC      4   0.291   0.158  -0.001
    1PDB  CAD      5   0.293   0.005  -0.002
    1PDB  CAE      6   0.174  -0.069  -0.001
    1PDB  CAF      7   0.186  -0.210  -0.001
    1PDB  HAF      8   0.285  -0.257  -0.002
    1PDB  CAG      9   0.070  -0.289  -0.001
    1PDB  OAL     10   0.078  -0.425  -0.001
    1PDB  HAL     11   0.174  -0.453  -0.001
    1PDB  CAH     12  -0.057  -0.227   0.000
    1PDB  OAK     13  -0.168  -0.307   0.000
    1PDB  HAK     14  -0.140  -0.403   0.000
    1PDB  CAI     15  -0.071  -0.087   0.000
    1PDB  HAI     16  -0.169  -0.041   0.001
    1PDB  CAJ     17   0.046  -0.009  -0.001
    1PDB  HAJ     18   0.036   0.100  -0.001
   0.95500   0.95500   0.95500

每次都不一样呢，这是什么愿意啊，谢谢指导。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 10:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 _蝶飞 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 330分求调剂 +15 qzenlc 2026-03-29 15/750 2026-04-02 21:41 by 百灵童888
[考研] 085601一志愿北理325分求调剂 +4 找调剂，， 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by dongzh2009
[考研] 085602 找调剂 +3 逆时针快乐 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:23 by dongzh2009
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +6 yikeniu 2026-04-01 6/300 2026-04-02 14:19 by smileboy2006
[考研] 求调剂！生物与医药专硕 +4 逆转陆先生 2026-04-01 4/200 2026-04-02 11:51 by xiaoranmu
[考研] 324分 085600材料与化工 +20 呆鹅oor 2026-03-27 20/1000 2026-04-02 10:13 by oooqiao
[考研] 274求调剂 +8 薛定谔的虎。 2026-04-01 8/400 2026-04-02 09:21 by 晴空210210
[考博] 26年申博 +3 staryer 2026-03-30 4/200 2026-04-01 23:21 by ai4pharm
[考研] 建环，能源，土木老师路过看一看！！！ +4 嘿嘿uu 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:42 by 无懈可击111
[考研] 调剂 +5 好好读书。 2026-03-28 7/350 2026-04-01 15:32 by 王亮_大连医科大
[考研] 086000生物与医药 初试274求调剂 +5 小叮当来了 2026-03-30 6/300 2026-04-01 14:25 by mxj1203
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +6 jqx1258 2026-03-31 7/350 2026-03-31 21:08 by yuq
[考研] 复试调剂 +7 双马尾痞老板2 2026-03-31 7/350 2026-03-31 19:49 by Dyhoer
[考研] 070300化学354求调剂 +15 101次希望 2026-03-28 15/750 2026-03-31 17:58 by jp9609
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 298求调剂 +4 种圣赐 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:42 by q1092522407
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭