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用PRODRG转化小分子问题 已有1人参与
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| 用PRODRG转化小分子时，chirality选yes，charge选full，EM选yes。为什么每次做出来的小分子的GRO文件的数据都不一样呢？求教，谢谢。 |
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fangsteel
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2楼2014-08-12 19:16:45
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gro文件，（polar/aromatic hydrogens）一次转化结果： PRODRG COORDS 18 1PDB OAB 1 0.655 0.214 0.002 1PDB CAA 2 0.602 0.101 0.001 1PDB OAM 3 0.674 -0.001 -0.002 1PDB CAC 4 0.450 0.089 0.004 1PDB CAD 5 0.394 -0.054 0.000 1PDB CAE 6 0.256 -0.078 0.000 1PDB CAF 7 0.215 -0.213 0.000 1PDB HAF 8 0.288 -0.294 0.000 1PDB CAG 9 0.078 -0.243 0.000 1PDB OAL 10 0.034 -0.372 0.000 1PDB HAL 11 0.113 -0.434 0.000 1PDB CAH 12 -0.018 -0.139 0.000 1PDB OAK 13 -0.150 -0.171 -0.001 1PDB HAK 14 -0.160 -0.271 -0.001 1PDB CAI 15 0.022 -0.004 0.000 1PDB HAI 16 -0.052 0.076 0.000 1PDB CAJ 17 0.159 0.026 0.000 1PDB HAJ 18 0.191 0.130 -0.001 0.98400 0.98400 0.98400 二次转化结果： PRODRG COORDS 18 1PDB OAB 1 0.434 0.352 -0.002 1PDB CAA 2 0.428 0.227 -0.002 1PDB OAM 3 0.533 0.160 -0.003 1PDB CAC 4 0.291 0.158 -0.001 1PDB CAD 5 0.293 0.005 -0.002 1PDB CAE 6 0.174 -0.069 -0.001 1PDB CAF 7 0.186 -0.210 -0.001 1PDB HAF 8 0.285 -0.257 -0.002 1PDB CAG 9 0.070 -0.289 -0.001 1PDB OAL 10 0.078 -0.425 -0.001 1PDB HAL 11 0.174 -0.453 -0.001 1PDB CAH 12 -0.057 -0.227 0.000 1PDB OAK 13 -0.168 -0.307 0.000 1PDB HAK 14 -0.140 -0.403 0.000 1PDB CAI 15 -0.071 -0.087 0.000 1PDB HAI 16 -0.169 -0.041 0.001 1PDB CAJ 17 0.046 -0.009 -0.001 1PDB HAJ 18 0.036 0.100 -0.001 0.95500 0.95500 0.95500 每次都不一样呢，这是什么愿意啊，谢谢指导。 |
3楼2014-08-15 10:56:27