| 查看: 337 | 回复: 1 | |||
zxwinner金虫 (小有名气)
|
[求助]
问下 关于perl的序列处理的一个问题
|
想问下怎么能够实现 已经得到单个密码子对应值， 比如ATG 112;CCG 255;TGG 455;怎么编程扫一段序列ATCGATCGATCGATCGCTACGATCAGCTACGACTACGATCG,把对应三字母序列找到并且可以运算三字母对应的值？ |
回复此楼» 猜你喜欢
0703化学调剂，求导师收
已经有10人回复
-
各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕
已经有5人回复
-
一志愿太原理工安全工程300分，求调剂
已经有6人回复
-
0856求调剂
已经有4人回复
-
11408软件工程求调剂
已经有3人回复
-
一志愿211 初试270分 求调剂
已经有8人回复
-
300求调剂，材料科学英一数二
已经有6人回复
-
学硕274求调剂
已经有9人回复
-
本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以
已经有7人回复
-
317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SeqMan拼接序列后的几个小问题
已经有5人回复
- 求助怎么运用perl语言取出两个文件中不一样的序列
已经有3人回复
- 关于perl 数组的一个小问题。
已经有4人回复
- 查找保守序列的问题
已经有5人回复
- 递交新序列到NCBI遇到的问题求解惑。
已经有4人回复
- 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
已经有9人回复
- 进化树及序列上传相关问题
已经有9人回复
- 关于perl在windowsxp下安装的一个问题
已经有4人回复
- 用什么方法去除一个基因中的一段序列
已经有11人回复
- NCBI上的mRNA序列的一个问题
已经有8人回复
- 请帮忙编写一个perl程序处理文本(提取GI号)
已经有8人回复
- 如何处理大量的fasta格式的rna序列
已经有16人回复
- 请帮忙编写一个perl程序处理文本
已经有26人回复
- 谁有可以线下使用的序列处理工具包？
已经有3人回复
- Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
已经有3人回复
- 编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列
已经有7人回复
- 请教Windows系统下perl脚本的ARGV应用问题，谢谢
已经有5人回复
- 请教perl脚本的一个if语句解释，谢谢
已经有8人回复
- 问个泛函分析的问题， 有关序列极限，略难。。。
已经有13人回复
- 求助小鼠抗体可变区基因序列提交问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
- 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
已经有11人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jjdg: 金币+1, 感谢参与 2014-08-10 23:26:04
zxwinner: 金币+5, ★有帮助 2014-08-11 15:48:00
感谢参与，应助指数 +1
jjdg: 金币+1, 感谢参与 2014-08-10 23:26:04
zxwinner: 金币+5, ★有帮助 2014-08-11 15:48:00
|
要全局搜索并返回你想要的密码子的位置，可以用这个，以数组来储存位置的结果： my @matched_position_array; while($raw_seq=~m/ATG/ig){ my $to_push_start=pos($raw_seq) push(@matched_position_array,$to_push_start); } 密码子对应的分值运算，用哈希就可以实现了： my %hash_nucleo_score; %hash_nucleo_score{"ATG"}=112; %hash_nucleo_score{"CCG"}=255; %hash_nucleo_score{"TGG"}=455; |
2楼2014-08-10 16:47:56
