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amo11000金虫 (小有名气)
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编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列
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我有一个文本文件1.txt，内容如下：>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。后面还有很多序列 要求删除那些长度<10，不以ATG开头的，不以CTG结尾的那些序列。名字不包括在序列的长度内，最后得到的文件内容应该是： >序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。后面还有很多序列。 由于序列3的开头字符不是ATG，而是CTG，所以被删除掉了。 谁能帮忙编写一个vb程序处理上面的问题啊？谢谢了 |
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【答案】应助回帖
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用perl脚本吧，很方便，我写了一个大概，要根据自己的序列格式更改一下（也可能有一些小错误），你的格式应该是fasta格式的测序序列，>文件名应该是单独一行。 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (INFILE,"<1.txt"  ;open (OUTFILE,">>out.txt" ;while (my $line=<> { my $num=length($line); if (($num>9)&&(~m/^ATG/)&&(CTG$)) { print OUTFILE $line; } if (~m/^>/) { print OUTFILE $line; #这个地方要加一个怎样判断序列名称和你输出序列 的对应的语句。不然每个文件名都会输出，时间有限，我就这样简写了，抱歉了…… } } close INFILE; close OUTFILE; |
8楼2012-03-08 20:08:59
