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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » VB » 编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列
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amo11000

金虫 (小有名气)

[求助] 编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列

我有一个文本文件1.txt，内容如下：>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。后面还有很多序列

要求删除那些长度<10，不以ATG开头的，不以CTG结尾的那些序列。名字不包括在序列的长度内，最后得到的文件内容应该是：

>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。后面还有很多序列。

由于序列3的开头字符不是ATG，而是CTG，所以被删除掉了。



谁能帮忙编写一个vb程序处理上面的问题啊？谢谢了
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1楼 2012-02-28 21:24:00
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lt292

金虫 (正式写手)

Holy Shit
jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-02-29 02:23:02
vim 加 正则表达式就可以把
应该是一个linux shell脚本
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记忆中的颜色，慢慢褪去，变成一缕缕的黑丝，最终消失在茫茫的空白里，一去不返```
2楼2012-02-28 23:14:03
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lurencyj

木虫 (著名写手)
jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-02-29 02:23:10
不确定shell碰上了中文字符内容会不会傻眼。。。哈哈
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很女子很弓虽大
3楼2012-02-28 23:15:32
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lijie169

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
c语言也可以，没碰到过vb的，应该很简单，1，循环读取文件的一行，2，对读取的行进行处理，神马长度<10，AtG开头的，3把符合要求的写入一个新的文件
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4楼2012-02-29 14:37:40
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361616004

新虫 (初入文坛)
VB……，真心不会，要是shell还行
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5楼2012-02-29 15:28:50
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jackie1179

木虫 (正式写手)
dubo(金币+1): 欢迎讨论 2012-03-01 11:29:42
建议LZ考虑一下perl吧
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6楼2012-03-01 09:49:25
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zhaoqi699

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这是fasta格式的序列吧，并获得cds序列?
用perl按行读取，再用正则表达式筛选
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7楼2012-03-01 10:48:33
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christina1213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-03-09 03:03:14
用perl脚本吧，很方便，我写了一个大概，要根据自己的序列格式更改一下（也可能有一些小错误），你的格式应该是fasta格式的测序序列，>文件名应该是单独一行。
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open (INFILE,"<1.txt";
open (OUTFILE,">>out.txt";
while (my $line=<>
        {
                my $num=length($line);
                if (($num>9)&&(~m/^ATG/)&&(CTG$))
                        {
                        print OUTFILE $line;
                        }
                if (~m/^>/)
                        {
                        print OUTFILE $line; #这个地方要加一个怎样判断序列名称和你输出序列 的对应的语句。不然每个文件名都会输出，时间有限，我就这样简写了，抱歉了……
                        }
        }
close INFILE;
close OUTFILE;
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8楼2012-03-08 20:08:59
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