| 查看: 2242 | 回复: 7 | ||
amo11000金虫 (小有名气)
|
[求助]
编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列
|
|
我有一个文本文件1.txt，内容如下：>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。后面还有很多序列 要求删除那些长度<10，不以ATG开头的，不以CTG结尾的那些序列。名字不包括在序列的长度内，最后得到的文件内容应该是： >序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。后面还有很多序列。 由于序列3的开头字符不是ATG，而是CTG，所以被删除掉了。 谁能帮忙编写一个vb程序处理上面的问题啊？谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
filecode变化情况
已经有22人回复
-
十年后又回来了，论文投稿求助
已经有4人回复
-
听说今天filecode变了
已经有45人回复
-
大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑
已经有7人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有6人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有31人回复
-
filecode
已经有19人回复
-
基金中了
已经有11人回复
-
固定端突然变了，今天
已经有8人回复
-
filecode
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 删除vip讨论子版的建议
已经有5人回复
- 自科青基中（三）经费申请说明 可否删除？
已经有5人回复
- HPLC延长柱前管路长度会对谱图有何影响？
已经有13人回复
- 修稿中审稿专家要求considerly shorten论文，修改时可以删除一部分内容吗？
已经有4人回复
- 青年基金申请书正文行间距及自动生成的各章节括号内说明内容能否删除等问题
已经有8人回复
lt292
金虫 (正式写手)
Holy Shit
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 1256.1
- 散金: 50
- 红花: 3
- 帖子: 591
- 在线: 36.4小时
- 虫号: 668772
- 注册: 2008-12-05
- 性别: GG
2楼2012-02-28 23:14:03
lurencyj
木虫 (著名写手)
- 应助: 159 (高中生)
- 金币: 2869.2
- 散金: 520
- 红花: 8
- 沙发: 10
- 帖子: 1244
- 在线: 148.3小时
- 虫号: 888093
- 注册: 2009-10-29
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2012-02-28 23:15:32
4楼2012-02-29 14:37:40
5楼2012-02-29 15:28:50
jackie1179
木虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 1929.2
- 红花: 1
- 帖子: 460
- 在线: 47.2小时
- 虫号: 1119284
- 注册: 2010-10-11
- 专业: 生物信息学
6楼2012-03-01 09:49:25
7楼2012-03-01 10:48:33
christina1213
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 4181.9
- 散金: 20
- 帖子: 658
- 在线: 118小时
- 虫号: 599542
- 注册: 2008-09-11
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-03-09 03:03:14
感谢参与，应助指数 +1
jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-03-09 03:03:14
|
用perl脚本吧，很方便，我写了一个大概，要根据自己的序列格式更改一下（也可能有一些小错误），你的格式应该是fasta格式的测序序列，>文件名应该是单独一行。 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (INFILE,"<1.txt"  ;open (OUTFILE,">>out.txt" ;while (my $line=<> { my $num=length($line); if (($num>9)&&(~m/^ATG/)&&(CTG$)) { print OUTFILE $line; } if (~m/^>/) { print OUTFILE $line; #这个地方要加一个怎样判断序列名称和你输出序列 的对应的语句。不然每个文件名都会输出，时间有限，我就这样简写了，抱歉了…… } } close INFILE; close OUTFILE; |
8楼2012-03-08 20:08:59
100