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amo11000

金虫 (小有名气)

[求助] 编写一个程序处理文本内容,删除长度<10,开头的,不以CTG结尾的那些序列

我有一个文本文件1.txt,内容如下:>序列名字1(序列名字可以任意长度)ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。后面还有很多序列

要求删除那些长度<10,不以ATG开头的,不以CTG结尾的那些序列。名字不包括在序列的长度内,最后得到的文件内容应该是:

>序列名字1(序列名字可以任意长度)ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。后面还有很多序列。

由于序列3的开头字符不是ATG,而是CTG,所以被删除掉了。



谁能帮忙编写一个vb程序处理上面的问题啊?谢谢了
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zhaoqi699

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这是fasta格式的序列吧,并获得cds序列?
用perl按行读取,再用正则表达式筛选
7楼2012-03-01 10:48:33
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查看全部 8 个回答

lt292

金虫 (正式写手)

Holy Shit

jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-02-29 02:23:02
vim 加 正则表达式就可以把
应该是一个linux shell脚本
记忆中的颜色,慢慢褪去,变成一缕缕的黑丝,最终消失在茫茫的空白里,一去不返```
2楼2012-02-28 23:14:03
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lurencyj

木虫 (著名写手)

jjdg(金币+1): 感谢参与 2012-02-29 02:23:10
不确定shell碰上了中文字符内容会不会傻眼。。。哈哈
很女子很弓虽大
3楼2012-02-28 23:15:32
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lijie169

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
c语言也可以,没碰到过vb的,应该很简单,1,循环读取文件的一行,2,对读取的行进行处理,神马长度<10,AtG开头的,3把符合要求的写入一个新的文件
4楼2012-02-29 14:37:40
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