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zxwinner金虫 (小有名气)
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[求助]
问下 关于perl的序列处理的一个问题
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想问下怎么能够实现 已经得到单个密码子对应值， 比如ATG 112;CCG 255;TGG 455;怎么编程扫一段序列ATCGATCGATCGATCGCTACGATCAGCTACGACTACGATCG,把对应三字母序列找到并且可以运算三字母对应的值？ |
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【答案】应助回帖
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要全局搜索并返回你想要的密码子的位置，可以用这个，以数组来储存位置的结果： my @matched_position_array; while($raw_seq=~m/ATG/ig){ my $to_push_start=pos($raw_seq) push(@matched_position_array,$to_push_start); } 密码子对应的分值运算，用哈希就可以实现了： my %hash_nucleo_score; %hash_nucleo_score{"ATG"}=112; %hash_nucleo_score{"CCG"}=255; %hash_nucleo_score{"TGG"}=455; |
2楼2014-08-10 16:47:56