应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » 请帮忙编写一个perl程序处理文本
271/3返回列表123下一页
查看: 2031  |  回复: 26
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

essen11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下：
>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。
后面还有很多序列

要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。
后面还有很多序列。

由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。

请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-04 13:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
我只懂一点点，希望能帮到你。
把程序另存为find.pl
运行时输入： perl  find.pl 1.txt

程序部分：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq="ccccAg";
my $seq;
my $title;
open OUTFILE, ">>outfile.txt";
while(<>{

        if (/>(\w+) (\w+)/) {
                 $title=$1;
                $seq=$2;
                if ($seq=~/$subseq/) {
                        print ">$title\n";
                        print OUTFILE ">$title\n";
                        print OUTFILE "$seq\n";
                }
       
        }

}

close OUTFILE;
赞一下(1人) 回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
4楼2012-05-04 20:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV[1];
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV[0]";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while({
  if (/$subseq/) {
    print OUTFILE "$_\n";
   
  }

}
close IN;
close OUTFILE;
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-05-07 09:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

cmdblock

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用per写太麻烦，用grep吧
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-04 18:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cmdblock at 2012-05-04 18:49:29:
用per写太麻烦，用grep吧

可是grep也不会啊，现在完全不懂编程。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 19:46:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)
那个，是右括号)
回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
5楼2012-05-04 20:18:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

ok,thank you very much!!!先运行一下啊，要是成功的话，真不知道怎么感谢你了！！
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-05 12:53:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

怎么那么快就运行完了，而且输出文件里什么都没有，空文件一个。
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-05 12:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对前面的稍加改下就可以了：
程序保存为find.pl
在终端输入：perl ./find.pl  1.txt   substring
find.pl 和1.txt放在同一目录下，确保切换到find.pl所在目录，substring为你要找的子序列
结果输出到outfile.txt中
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-07 09:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-07 09:13:33:
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV;
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while(&l ...

你好，请问怎样将序列名称一起输出啊？这个程序。
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-07 09:47:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 essen11 的主题更新
271/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +6 腻腻gk 2026-03-14 6/300 2026-03-16 09:39 by 闲人终南山
[考研] 321求调剂 +4 大米饭！ 2026-03-15 4/200 2026-03-16 08:41 by Linda Hu
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 调剂 +8 调剂的考研学生 2026-03-09 8/400 2026-03-15 22:14 by Winj1e
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 一志愿山大 321分 求调剂 +7 每天散步 2026-03-09 8/400 2026-03-14 02:18 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +4 ly3471z 2026-03-13 4/200 2026-03-13 13:00 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[硕博家园] 木虫好像不热闹了，是不是？ +4 偏振片 2026-03-10 4/200 2026-03-10 09:51 by longwave
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭