应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » 请帮忙编写一个perl程序处理文本
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
271/3返回列表123下一页
查看: 2054  |  回复: 26
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

essen11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下：
>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。
后面还有很多序列

要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。
后面还有很多序列。

由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。

请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-04 13:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
我只懂一点点，希望能帮到你。
把程序另存为find.pl
运行时输入： perl  find.pl 1.txt

程序部分：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq="ccccAg";
my $seq;
my $title;
open OUTFILE, ">>outfile.txt";
while(<>{

        if (/>(\w+) (\w+)/) {
                 $title=$1;
                $seq=$2;
                if ($seq=~/$subseq/) {
                        print ">$title\n";
                        print OUTFILE ">$title\n";
                        print OUTFILE "$seq\n";
                }
       
        }

}

close OUTFILE;
赞一下(1人) 回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
4楼2012-05-04 20:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV[1];
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV[0]";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while({
  if (/$subseq/) {
    print OUTFILE "$_\n";
   
  }

}
close IN;
close OUTFILE;
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-05-07 09:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

cmdblock

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用per写太麻烦，用grep吧
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-04 18:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cmdblock at 2012-05-04 18:49:29:
用per写太麻烦，用grep吧

可是grep也不会啊，现在完全不懂编程。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 19:46:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)
那个，是右括号)
回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
5楼2012-05-04 20:18:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

ok,thank you very much!!!先运行一下啊，要是成功的话，真不知道怎么感谢你了！！
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-05 12:53:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

怎么那么快就运行完了，而且输出文件里什么都没有，空文件一个。
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-05 12:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对前面的稍加改下就可以了：
程序保存为find.pl
在终端输入：perl ./find.pl  1.txt   substring
find.pl 和1.txt放在同一目录下，确保切换到find.pl所在目录，substring为你要找的子序列
结果输出到outfile.txt中
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-07 09:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-07 09:13:33:
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV;
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while(&l ...

你好，请问怎样将序列名称一起输出啊？这个程序。
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-07 09:47:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 essen11 的主题更新
271/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297分083200求助 +5 aekx 2026-04-05 5/250 2026-04-06 09:22 by dongzh2009
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +8 水星记infp 2026-04-05 9/450 2026-04-06 09:20 by 水星记infp
[考研] 求调剂 +5 chenxrlkx 2026-04-05 7/350 2026-04-06 07:54 by houyaoxu
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +7 木子念晞 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +14 袁sy 2026-04-01 14/700 2026-04-05 18:18 by cql1109
[考研] 材料工程310专硕调剂 +13 捞捞我…. 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:01 by 来看流星雨10
[考研] 本科211 分数293请求调剂 +4 莲菜就是藕吧 2026-04-01 4/200 2026-04-04 22:32 by hemengdong
[考研] 272求调剂 +4 松柏常青5 2026-04-03 4/200 2026-04-04 17:03 by babysonlkd
[考研] 兽医调剂 +3 wh119216 2026-04-02 3/150 2026-04-03 19:34 by zrongyan
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 抱歉 +5 田洪有 2026-03-30 5/250 2026-04-03 10:24 by linyelide
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 求调剂 +7 Aniyaio 2026-04-02 7/350 2026-04-02 16:42 by zzsw+
[考研] 318求调剂，计算材料方向 +10 吸喵有害笙命 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业，保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +6 lmnlzy 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:02 by 逆水乘风
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭