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essen11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下：
>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。
后面还有很多序列

要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。
后面还有很多序列。

由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。

请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了
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1楼 2012-05-04 13:06:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
我只懂一点点，希望能帮到你。
把程序另存为find.pl
运行时输入： perl  find.pl 1.txt

程序部分：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq="ccccAg";
my $seq;
my $title;
open OUTFILE, ">>outfile.txt";
while(<>{

        if (/>(\w+) (\w+)/) {
                 $title=$1;
                $seq=$2;
                if ($seq=~/$subseq/) {
                        print ">$title\n";
                        print OUTFILE ">$title\n";
                        print OUTFILE "$seq\n";
                }
       
        }

}

close OUTFILE;
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实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
4楼2012-05-04 20:16:24
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jackie1179

木虫 (正式写手)
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV[1];
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV[0]";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while({
  if (/$subseq/) {
    print OUTFILE "$_\n";
   
  }

}
close IN;
close OUTFILE;
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9楼2012-05-07 09:13:33
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普通回帖

cmdblock

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用per写太麻烦，用grep吧
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2楼2012-05-04 18:49:29
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cmdblock at 2012-05-04 18:49:29:
用per写太麻烦，用grep吧

可是grep也不会啊，现在完全不懂编程。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 19:46:40
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任天青

金虫 (小有名气)
那个，是右括号)
回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
5楼2012-05-04 20:18:01
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

ok,thank you very much!!!先运行一下啊，要是成功的话，真不知道怎么感谢你了！！
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-05 12:53:27
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 任天青 at 2012-05-04 20:18:01:
那个，是右括号)

怎么那么快就运行完了，而且输出文件里什么都没有，空文件一个。
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-05 12:56:24
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jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对前面的稍加改下就可以了：
程序保存为find.pl
在终端输入：perl ./find.pl  1.txt   substring
find.pl 和1.txt放在同一目录下，确保切换到find.pl所在目录，substring为你要找的子序列
结果输出到outfile.txt中
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8楼2012-05-07 09:12:38
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-07 09:13:33:
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV;
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while(&l ...

你好，请问怎样将序列名称一起输出啊？这个程序。
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10楼2012-05-07 09:47:45
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