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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进
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xueshuhan

木虫 (正式写手)

[求助] Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进

我是学生物的研究生，我们一个老师讲perl编程，才学了10个小时，本人对编程一窍不通，希望好心人帮忙解答，谢谢了！！！
下面是我的编程：
Develop a Perl program that receives as argument on the command linethe id of a nucleotide sequence (in the form db:id) and invokes the"sixpack" Web Service from EBI printing its result.
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1楼 2012-01-30 22:29:56
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回帖置顶 ( 共有2个 )

zhusheng303

木虫 (小有名气)
★
ben_ladeng(金币+1): 欢迎常来 2012-01-31 13:58:28
xueshuhan: 回帖置顶 2012-01-31 16:46:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 02:03:29:
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
...

【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最好写成“die （There is an error there.\n )；”。
【3】“if ( $ARGV[0]<>1 ) ” 这个语句，我没有看懂。
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4楼2012-01-31 10:13:09
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xueshuhan

木虫 (正式写手)
xueshuhan: 回帖置顶 2012-02-02 09:18:42
在多位朋友帮助下终于写好了，下面是perl ：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use SOAP::Lite;

my($USAGE) = "$0 PROTEIN\n\n";

unless (@ARGV)
        {
                print $USAGE;
                exit;
        }

unless (@ARGV==1)
        {
                print "There is an error.\n";
        exit;
        }

my($sequence) = $ARGV[0];

unless ($sequence =~ /[:]/g)
        {
                print "There is another error\n";
        }

my($service) = SOAP::Lite->proxy(

'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_gene_finding.sixpack'
);

my($soap_response) =
        $service->runAndWaitFor(
                SOAP:ata->type( map => { sequence_usa =>$sequence
} ) );

my(@res) = $soap_response->paramsout;

my($res) = $soap_response->result;

my($outfile) = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

exit;
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10楼2012-02-02 09:18:06
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普通回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
-It checks the number of arguments received on the command line and          if the number is not 1 it prints an error message and exits.
-It assigns the first argument to one variable.
-It checks with a pattern matching that the variable contains the
character ":". If not it prints an error message.
-It calls the "sixpack" Web Service as in the examples seen in class passing the received variable.
-It assigns to a variable the "outfile" returned by the service.
-It prints this variable.
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2楼2012-01-30 22:31:01
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xueshuhan

木虫 (正式写手)
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]<>1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }
$input=$ARGV[0];
unless ( $ input =~ m/:/ ）
        {
                die ( There is an error there.\n )
        }
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3楼2012-01-31 02:03:29
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xueshuhan

木虫 (正式写手)
这回写是否正确，还有就是网络服务调用部分如何编写？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }
my $input=$ARGV[0];
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" )
        }
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5楼2012-01-31 16:42:45
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xueshuhan

木虫 (正式写手)
我写的这个问题，但不知道怎么改
问题一：如何让第一个argument需要为变量
问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input\n "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }

$input=$ARGV[0];

unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" );
        }

$service = SOAP::Lite->proxy(
        'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/dispaly.sixpack'
);

$soap_response =
        $service->runAndWaitFor(
                SOAP:ata->type( map => { sequence_usa =>$ARGV[0]
} ) );

@res = $soap_response->paramsout;

$res = $soap_response->result;

$outfile = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

图一
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6楼2012-01-31 18:49:35
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xueshuhan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-01-31 10:13:09:
【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最 ...

谢谢你的帮助，还有一些问题请教，望指教
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7楼2012-01-31 18:50:50
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zhusheng303

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 16:42:45:
这回写是否正确，还有就是网络服务调用部分如何编写？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
         ...

这里还有一个地方不对，
#######
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" )
        }

############
这个语句“die ( "There is an error there.\n" )”，你最好写成
die  "There is an error there.\n" ；另外一个最重要的问题是：perl的每个语句必须以”；（分号）“结束。也就说：应该写成这样 “die  "There is an error there.\n" ；”才是对的。
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8楼2012-02-01 10:37:12
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zhusheng303

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 18:49:35:
我写的这个问题，但不知道怎么改
问题一：如何让第一个argument需要为变量
问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV &l ...

【1】问题一：如何让第一个argument需要为变量
Use $ARGV[n] to display argument.
Use $#ARGV to get total number of passed argument to a perl script.
例如：./foo.pl one two three
$ARGV[0]：one
$ARGV[1]: two
$ARGV[2]: three
【2】问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
不好意思，这个我也没有用过。这个网页你可以看看http://www.ebi.ac.uk/Tools/webse ... perl/soap/soap-lite，希望对你有帮助
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9楼2012-02-01 11:01:49
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