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xueshuhan木虫 (正式写手)
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[求助]
Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进
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我是学生物的研究生，我们一个老师讲perl编程，才学了10个小时，本人对编程一窍不通，希望好心人帮忙解答，谢谢了！！！ 下面是我的编程： Develop a Perl program that receives as argument on the command linethe id of a nucleotide sequence (in the form db:id) and invokes the"sixpack" Web Service from EBI printing its result. |
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xueshuhan
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我写的这个问题，但不知道怎么改 问题一：如何让第一个argument需要为变量 问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到 #!/usr/bin/perl use warnings; use SOAP::Lite; if ( $#ARGV < 0 ) { print "Usage: please input\n "; exit; } # Get the first argumentmy if ( $ARGV[0]!=1 ) { print "There is an error there"; exit; } $input=$ARGV[0]; unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ） { die ( "There is an error there.\n" ); } $service = SOAP::Lite->proxy( 'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/dispaly.sixpack' ); $soap_response = $service->runAndWaitFor( SOAP:  ata->type( map => { sequence_usa =>$ARGV[0]} ) ); @res = $soap_response->paramsout; $res = $soap_response->result; $outfile = %$res->{'outfile'}; print "$outfile\n";  图一 |
6楼2012-01-31 18:49:35
xueshuhan
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-It checks the number of arguments received on the command line and if the number is not 1 it prints an error message and exits. -It assigns the first argument to one variable. -It checks with a pattern matching that the variable contains the character ":". If not it prints an error message. -It calls the "sixpack" Web Service as in the examples seen in class passing the received variable. -It assigns to a variable the "outfile" returned by the service. -It prints this variable. |
2楼2012-01-30 22:31:01
xueshuhan
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前一半这样写是否正确： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use SOAP::Lite; if ( $#ARGV < 0 ) { print "Usage: please input "; exit; } # Get the first argumentmy if ( $ARGV[0]<>1 ) { print "There is an error there"; exit; } $input=$ARGV[0]; unless ( $ input =~ m/:/ ） { die ( There is an error there.\n ) } |
3楼2012-01-31 02:03:29
zhusheng303
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xueshuhan: 回帖置顶 2012-01-31 16:46:17
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xueshuhan: 回帖置顶 2012-01-31 16:46:17
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【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。 【2】“die ( There is an error there.\n )”，最好写成“die （There is an error there.\n )；”。 【3】“if ( $ARGV[0]<>1 ) ” 这个语句，我没有看懂。 |
4楼2012-01-31 10:13:09
