应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进
51/1返回列表
查看: 2513  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)

[求助] Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进

我是学生物的研究生，我们一个老师讲perl编程，才学了10个小时，本人对编程一窍不通，希望好心人帮忙解答，谢谢了！！！
下面是我的编程：
Develop a Perl program that receives as argument on the command linethe id of a nucleotide sequence (in the form db:id) and invokes the"sixpack" Web Service from EBI printing its result.
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-30 22:29:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
我写的这个问题，但不知道怎么改
问题一：如何让第一个argument需要为变量
问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input\n "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }

$input=$ARGV[0];

unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" );
        }

$service = SOAP::Lite->proxy(
        'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/dispaly.sixpack'
);

$soap_response =
        $service->runAndWaitFor(
                SOAP:ata->type( map => { sequence_usa =>$ARGV[0]
} ) );

@res = $soap_response->paramsout;

$res = $soap_response->result;

$outfile = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

图一
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-31 18:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

xueshuhan

木虫 (正式写手)
-It checks the number of arguments received on the command line and          if the number is not 1 it prints an error message and exits.
-It assigns the first argument to one variable.
-It checks with a pattern matching that the variable contains the
character ":". If not it prints an error message.
-It calls the "sixpack" Web Service as in the examples seen in class passing the received variable.
-It assigns to a variable the "outfile" returned by the service.
-It prints this variable.
赞一下 回复此楼
2楼2012-01-30 22:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]<>1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }
$input=$ARGV[0];
unless ( $ input =~ m/:/ ）
        {
                die ( There is an error there.\n )
        }
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-31 02:03:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhusheng303

木虫 (小有名气)
★
ben_ladeng(金币+1): 欢迎常来 2012-01-31 13:58:28
xueshuhan: 回帖置顶 2012-01-31 16:46:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 02:03:29:
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
...

【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最好写成“die （There is an error there.\n )；”。
【3】“if ( $ARGV[0]<>1 ) ” 这个语句，我没有看懂。
赞一下(1人) 回复此楼
积极面对
4楼2012-01-31 10:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭