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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » perl程序求助，请大神们赐教~~~
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求助，请大神们赐教~~~

我现在有十个基因，附件里的两个文件分别是这十个基因任意两个之间的相关系数和p-alue的值，附件应该是很容易看懂的，呵呵~~，现在呢，我想改变一下输出的格式，将两个文件整合一下，输出成这种格式：
基因1              基因2               相关系数           p-value （这一行可有可无）
DR_2577      DR_A0328           0.81186                   0.0000000171
……
输出结果不算可有可无的第一行的话，应该总共有45行，就是这么一个程序~~
我觉得应该是说清楚了，呵呵~~若是哪里说的不够清楚的话，请大神们主动提出来，呵呵~~谢谢啦~~~
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  • 附件 1 : pvalue.csv
    • 2012-08-10 21:25:34, 11.5 K
  • 附件 2 : cor.xls
    • 2012-08-10 21:25:40, 12 K

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1楼2012-08-10 21:39:31
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。
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2楼2012-08-11 01:58:24
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。

不是的，我晕~~，现在放假了，那几天家里有事回去了，我家农村的，家里又上不了网！在家带了十来天，就把那个帖子给忘了，平时小木虫上的又不多，请您不要生气了哈~~现在把金币给您~~晕~~·
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3楼2012-08-11 09:30:25
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jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiezhancnu: 金币+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-08-13 22:21:08
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会
CODE:
#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
=~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
for($i = 1; $i <= 10; $i++) {
  push @gene,$$i;
}
print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
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4楼2012-08-11 09:32:35
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，刚刚看了一下您的程序，发现您的程序采用了正则表达式捕获变量的方法，但是实际要处理的基因并不是10个，是3000多个，这样的话，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/总不能延长到3000多个吧，不知道您可不可以写一个适用于任意数目基因的程序？谢谢了~~
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5楼2012-08-11 15:00:36
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herter

金虫 (著名写手)
楼上的程序写的很好啊；
另外给个建议，没有时间写整个程序的；
1，把输入数据放到txt中，不用excel，excel处理没做过，估计不会简单；excel中都放进去了，放到txt中应该不难；
2，每一行的数据之间用空格分隔，到时候程序分段数据，会很方便的；
3，如果3000多条数据，互相需要两两比较的话，计算量到了千万级别，如果每一次比较的速度慢的话，会需要几天时间才能算完一次；我曾经算过两两比较两个4k的基因组（调用外部blast程序）；如果每一次速度很快，估计半小时内算完；
4，如果第一条中没有办法获取原始数据，就只好把excel数据直接复制放到txt中，把宽的空格替换成一个空格，然后就可以用perl读取数据和输出数据了；
5，不要等哪位大哥能直接写出程序来，没有这个时间和耐心的；自己做出应该不难；
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xiezhancnu
6楼2012-08-12 16:13:28
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herter

金虫 (著名写手)
补充，
二维数组，换成一维就可以的；
每次读入perl中一行，分别记录了，1-2，1-3,1-4，。。。，1-3000；
第二行，2-3,2-4,2-5,...,2-3000;
直到最后一行，全部完成；
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7楼2012-08-12 16:18:16
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by herter at 2012-08-12 16:13:28
楼上的程序写的很好啊；
另外给个建议，没有时间写整个程序的；
1，把输入数据放到txt中，不用excel，excel处理没做过，估计不会简单；excel中都放进去了，放到txt中应该不难；
2，每一行的数据之间用空格分隔， ...

谢谢您~~我试试～～
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8楼2012-08-12 16:32:45
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jackie1179

木虫 (正式写手)
★
xzhdty: 金币+1, 谢谢 2012-08-13 22:22:35
借鉴了wizardfan在你新帖中的split方法，对原程序稍加修改，或许可以满足你的要求。
CODE:
#!/usr/bin/perl


use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
$tmp= ;
chomp($tmp);
$line =~ s/^\t//;
@gene = split(/\t/,$tmp);

print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  chomp;
  @array = split(/\t/,$_);
  
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  chomp;
  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
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xiezhancnu
9楼2012-08-13 10:01:38
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-13 10:01:38
借鉴了wizardfan在你新帖中的split方法，对原程序稍加修改，或许可以满足你的要求。

#!/usr/bin/perl


use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out ...

10楼2012-08-14 13:12:03
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