应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » perl程序求助，请大神们赐教~~~
101/1返回列表
查看: 1681  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求助，请大神们赐教~~~

我现在有十个基因，附件里的两个文件分别是这十个基因任意两个之间的相关系数和p-alue的值，附件应该是很容易看懂的，呵呵~~，现在呢，我想改变一下输出的格式，将两个文件整合一下，输出成这种格式：
基因1              基因2               相关系数           p-value （这一行可有可无）
DR_2577      DR_A0328           0.81186                   0.0000000171
……
输出结果不算可有可无的第一行的话，应该总共有45行，就是这么一个程序~~
我觉得应该是说清楚了，呵呵~~若是哪里说的不够清楚的话，请大神们主动提出来，呵呵~~谢谢啦~~~
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : pvalue.csv
    • 2012-08-10 21:25:34, 11.5 K
  • 附件 2 : cor.xls
    • 2012-08-10 21:25:40, 12 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-10 21:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-11 01:58:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。

不是的，我晕~~，现在放假了，那几天家里有事回去了，我家农村的，家里又上不了网！在家带了十来天，就把那个帖子给忘了，平时小木虫上的又不多，请您不要生气了哈~~现在把金币给您~~晕~~·
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-11 09:30:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiezhancnu: 金币+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-08-13 22:21:08
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会
CODE:
#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
=~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
for($i = 1; $i <= 10; $i++) {
  push @gene,$$i;
}
print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-11 09:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，刚刚看了一下您的程序，发现您的程序采用了正则表达式捕获变量的方法，但是实际要处理的基因并不是10个，是3000多个，这样的话，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/总不能延长到3000多个吧，不知道您可不可以写一个适用于任意数目基因的程序？谢谢了~~
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-11 15:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herter

金虫 (著名写手)
楼上的程序写的很好啊；
另外给个建议，没有时间写整个程序的；
1，把输入数据放到txt中，不用excel，excel处理没做过，估计不会简单；excel中都放进去了，放到txt中应该不难；
2，每一行的数据之间用空格分隔，到时候程序分段数据，会很方便的；
3，如果3000多条数据，互相需要两两比较的话，计算量到了千万级别，如果每一次比较的速度慢的话，会需要几天时间才能算完一次；我曾经算过两两比较两个4k的基因组（调用外部blast程序）；如果每一次速度很快，估计半小时内算完；
4，如果第一条中没有办法获取原始数据，就只好把excel数据直接复制放到txt中，把宽的空格替换成一个空格，然后就可以用perl读取数据和输出数据了；
5，不要等哪位大哥能直接写出程序来，没有这个时间和耐心的；自己做出应该不难；
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xiezhancnu
6楼2012-08-12 16:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herter

金虫 (著名写手)
补充，
二维数组，换成一维就可以的；
每次读入perl中一行，分别记录了，1-2，1-3,1-4，。。。，1-3000；
第二行，2-3,2-4,2-5,...,2-3000;
直到最后一行，全部完成；
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-12 16:18:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by herter at 2012-08-12 16:13:28
楼上的程序写的很好啊；
另外给个建议，没有时间写整个程序的；
1，把输入数据放到txt中，不用excel，excel处理没做过，估计不会简单；excel中都放进去了，放到txt中应该不难；
2，每一行的数据之间用空格分隔， ...

谢谢您~~我试试～～
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-12 16:32:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)
★
xzhdty: 金币+1, 谢谢 2012-08-13 22:22:35
借鉴了wizardfan在你新帖中的split方法，对原程序稍加修改，或许可以满足你的要求。
CODE:
#!/usr/bin/perl


use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
$tmp= ;
chomp($tmp);
$line =~ s/^\t//;
@gene = split(/\t/,$tmp);

print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  chomp;
  @array = split(/\t/,$_);
  
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  chomp;
  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xiezhancnu
9楼2012-08-13 10:01:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-13 10:01:38
借鉴了wizardfan在你新帖中的split方法，对原程序稍加修改，或许可以满足你的要求。

#!/usr/bin/perl


use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out ...

10楼2012-08-14 13:12:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiezhancnu 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 8rmuugja8q 2026-02-22 8/400 2026-02-23 12:22 by alian_214
[基金申请] 体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低 +10 瞬息宇宙 2026-02-20 13/650 2026-02-23 11:23 by holypower
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 8/400 2026-02-23 09:35 by w4l55oybr1
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 8/400 2026-02-23 09:29 by w4l55oybr1
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +5 usprnugpzw 2026-02-21 11/550 2026-02-23 09:24 by w4l55oybr1
[教师之家] 为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？ +5 欢乐颂叶蓁 2026-02-21 8/400 2026-02-23 09:19 by 欢乐颂叶蓁
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 w89i99eaeh 2026-02-22 5/250 2026-02-23 08:04 by w4l55oybr1
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 6/300 2026-02-23 07:59 by w4l55oybr1
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +6 3dfhjxgsh7 2026-02-22 9/450 2026-02-23 07:49 by w4l55oybr1
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 5/250 2026-02-23 06:29 by w4l55oybr1
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 8/400 2026-02-23 06:24 by w4l55oybr1
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +5 3dfhjxgsh7 2026-02-22 6/300 2026-02-23 02:04 by 5jlh3qtdvx
[教师之家] 版面费该交吗 +7 苹果在哪里 2026-02-22 8/400 2026-02-22 22:37 by otani
[基金申请] 面上可以超过30页吧？ +4 阿拉贡aragon 2026-02-22 4/200 2026-02-22 21:22 by 山西悬空寺空悬�
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 usprnugpzw 2026-02-21 6/300 2026-02-22 19:48 by w89i99eaeh
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-22 3/150 2026-02-22 16:37 by khieu8v8m0
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-21 4/200 2026-02-22 16:27 by khieu8v8m0
[基金申请] “人文社科而论，许多学术研究还没有达到民国时期的水平” +4 苏东坡二世 2026-02-18 5/250 2026-02-22 16:07 by liangep1573
[基金申请] 什么是人一生最重要的？ +4 瞬息宇宙 2026-02-21 4/200 2026-02-22 11:44 by huagongfeihu
[基金申请] 今年春晚有几个节目很不错，点赞！ +11 瞬息宇宙 2026-02-16 12/600 2026-02-21 21:14 by lq493392203
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭