应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » perl程序求助，请大神们赐教~~~
51/1返回列表
查看: 1967  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求助，请大神们赐教~~~

我现在有十个基因，附件里的两个文件分别是这十个基因任意两个之间的相关系数和p-alue的值，附件应该是很容易看懂的，呵呵~~，现在呢，我想改变一下输出的格式，将两个文件整合一下，输出成这种格式：
基因1              基因2               相关系数           p-value （这一行可有可无）
DR_2577      DR_A0328           0.81186                   0.0000000171
……
输出结果不算可有可无的第一行的话，应该总共有45行，就是这么一个程序~~
我觉得应该是说清楚了，呵呵~~若是哪里说的不够清楚的话，请大神们主动提出来，呵呵~~谢谢啦~~~
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : pvalue.csv
    • 2012-08-10 21:25:34, 11.5 K
  • 附件 2 : cor.xls
    • 2012-08-10 21:25:40, 12 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-10 21:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，刚刚看了一下您的程序，发现您的程序采用了正则表达式捕获变量的方法，但是实际要处理的基因并不是10个，是3000多个，这样的话，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/总不能延长到3000多个吧，不知道您可不可以写一个适用于任意数目基因的程序？谢谢了~~
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-11 15:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-11 01:58:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。

不是的，我晕~~，现在放假了，那几天家里有事回去了，我家农村的，家里又上不了网！在家带了十来天，就把那个帖子给忘了，平时小木虫上的又不多，请您不要生气了哈~~现在把金币给您~~晕~~·
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-11 09:30:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiezhancnu: 金币+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-08-13 22:21:08
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会
CODE:
#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
=~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
for($i = 1; $i <= 10; $i++) {
  push @gene,$$i;
}
print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-11 09:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 19:55 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 15:30 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭