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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » perl程序求助，请大神们赐教~~~
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求助，请大神们赐教~~~

我现在有十个基因，附件里的两个文件分别是这十个基因任意两个之间的相关系数和p-alue的值，附件应该是很容易看懂的，呵呵~~，现在呢，我想改变一下输出的格式，将两个文件整合一下，输出成这种格式：
基因1              基因2               相关系数           p-value （这一行可有可无）
DR_2577      DR_A0328           0.81186                   0.0000000171
……
输出结果不算可有可无的第一行的话，应该总共有45行，就是这么一个程序~~
我觉得应该是说清楚了，呵呵~~若是哪里说的不够清楚的话，请大神们主动提出来，呵呵~~谢谢啦~~~
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  • 附件 1 : pvalue.csv
    • 2012-08-10 21:25:34, 11.5 K
  • 附件 2 : cor.xls
    • 2012-08-10 21:25:40, 12 K

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1楼 2012-08-10 21:39:31
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。

不是的，我晕~~，现在放假了，那几天家里有事回去了，我家农村的，家里又上不了网！在家带了十来天，就把那个帖子给忘了，平时小木虫上的又不多，请您不要生气了哈~~现在把金币给您~~晕~~·
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3楼2012-08-11 09:30:25
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
本来是想帮你的，但是以前帮过你以后，一点回音都没有http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建议别人不要帮助没有基本礼仪的人。
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2楼2012-08-11 01:58:24
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jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiezhancnu: 金币+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-08-13 22:21:08
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会
CODE:
#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out = "out";

undef %cor;
undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";
=~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
for($i = 1; $i <= 10; $i++) {
  push @gene,$$i;
}
print @gene,"\n";
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {
    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close COR;

foreach (sort keys %cor) {
  print $_,"=>","$cor{$_}\n";
}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";
;
$cnt = 0;
while() {
  $cnt++;
  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;
  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {
    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};
  }
}
close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";
print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";
for($i = 0; $i < 10; $i++) {
  for($j = 0; $j < 10; $j++) {
    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {
      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};
    }
  }
}

close OUT;
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4楼2012-08-11 09:32:35
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存为文本文档才好操作（用制表符分隔），因为用perl操作excel表格我也不会

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，刚刚看了一下您的程序，发现您的程序采用了正则表达式捕获变量的方法，但是实际要处理的基因并不是10个，是3000多个，这样的话，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/总不能延长到3000多个吧，不知道您可不可以写一个适用于任意数目基因的程序？谢谢了~~
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5楼2012-08-11 15:00:36
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