应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 2170  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xueshuhan

木虫 (正式写手)

[求助] Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进

我是学生物的研究生，我们一个老师讲perl编程，才学了10个小时，本人对编程一窍不通，希望好心人帮忙解答，谢谢了！！！
下面是我的编程：
Develop a Perl program that receives as argument on the command linethe id of a nucleotide sequence (in the form db:id) and invokes the"sixpack" Web Service from EBI printing its result.
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-30 22:29:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有2个 )

zhusheng303

木虫 (小有名气)
★
ben_ladeng(金币+1): 欢迎常来 2012-01-31 13:58:28
xueshuhan: 回帖置顶 2012-01-31 16:46:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 02:03:29:
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
...

【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最好写成“die （There is an error there.\n )；”。
【3】“if ( $ARGV[0]<>1 ) ” 这个语句，我没有看懂。
赞一下(1人) 回复此楼
积极面对
4楼2012-01-31 10:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
xueshuhan: 回帖置顶 2012-02-02 09:18:42
在多位朋友帮助下终于写好了，下面是perl ：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use SOAP::Lite;

my($USAGE) = "$0 PROTEIN\n\n";

unless (@ARGV)
        {
                print $USAGE;
                exit;
        }

unless (@ARGV==1)
        {
                print "There is an error.\n";
        exit;
        }

my($sequence) = $ARGV[0];

unless ($sequence =~ /[:]/g)
        {
                print "There is another error\n";
        }

my($service) = SOAP::Lite->proxy(

'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_gene_finding.sixpack'
);

my($soap_response) =
        $service->runAndWaitFor(
                SOAP:ata->type( map => { sequence_usa =>$sequence
} ) );

my(@res) = $soap_response->paramsout;

my($res) = $soap_response->result;

my($outfile) = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

exit;
赞一下 回复此楼
10楼2012-02-02 09:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
-It checks the number of arguments received on the command line and          if the number is not 1 it prints an error message and exits.
-It assigns the first argument to one variable.
-It checks with a pattern matching that the variable contains the
character ":". If not it prints an error message.
-It calls the "sixpack" Web Service as in the examples seen in class passing the received variable.
-It assigns to a variable the "outfile" returned by the service.
-It prints this variable.
赞一下 回复此楼
2楼2012-01-30 22:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
前一半这样写是否正确：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]<>1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }
$input=$ARGV[0];
unless ( $ input =~ m/:/ ）
        {
                die ( There is an error there.\n )
        }
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-31 02:03:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
这回写是否正确，还有就是网络服务调用部分如何编写？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }
my $input=$ARGV[0];
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" )
        }
赞一下 回复此楼
5楼2012-01-31 16:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
我写的这个问题，但不知道怎么改
问题一：如何让第一个argument需要为变量
问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input\n "; exit;
        }
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
        {
                print "There is an error there"; exit;
        }

$input=$ARGV[0];

unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" );
        }

$service = SOAP::Lite->proxy(
        'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/dispaly.sixpack'
);

$soap_response =
        $service->runAndWaitFor(
                SOAP:ata->type( map => { sequence_usa =>$ARGV[0]
} ) );

@res = $soap_response->paramsout;

$res = $soap_response->result;

$outfile = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

图一
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-31 18:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueshuhan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-01-31 10:13:09:
【1】当你使用”use strict; use warnings ”, 语句"$input=$ARGV[0];"应该写成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定义变量的作用，限定变量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最 ...

谢谢你的帮助，还有一些问题请教，望指教
赞一下 回复此楼
7楼2012-01-31 18:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhusheng303

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 16:42:45:
这回写是否正确，还有就是网络服务调用部分如何编写？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
        {
                print "Usage: please input "; exit;
         ...

这里还有一个地方不对，
#######
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
        {
                die ( "There is an error there.\n" )
        }

############
这个语句“die ( "There is an error there.\n" )”，你最好写成
die  "There is an error there.\n" ；另外一个最重要的问题是：perl的每个语句必须以”；（分号）“结束。也就说：应该写成这样 “die  "There is an error there.\n" ；”才是对的。
赞一下 回复此楼
积极面对
8楼2012-02-01 10:37:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhusheng303

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 18:49:35:
我写的这个问题，但不知道怎么改
问题一：如何让第一个argument需要为变量
问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV &l ...

【1】问题一：如何让第一个argument需要为变量
Use $ARGV[n] to display argument.
Use $#ARGV to get total number of passed argument to a perl script.
例如：./foo.pl one two three
$ARGV[0]：one
$ARGV[1]: two
$ARGV[2]: three
【2】问题二：为什么我在命令栏里输入核苷酸的ID却提示命令没有找到
不好意思，这个我也没有用过。这个网页你可以看看http://www.ebi.ac.uk/Tools/webse ... perl/soap/soap-lite，希望对你有帮助
赞一下 回复此楼
积极面对
9楼2012-02-01 11:01:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xueshuhan 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294求调剂 +4 Grey_Ey 2026-04-01 5/250 2026-04-05 23:05 by Grey_Ey
[考研] 复试调剂 +13 呼呼？~+123456 2026-04-05 13/650 2026-04-05 22:07 by 醉翁wl
[考研] 085602调剂 初试总分335 +8 19123253302 2026-04-05 8/400 2026-04-05 20:44 by 南航~万老师
[考研] 285求调剂 +4 恶法大二的气味� 2026-04-05 5/250 2026-04-05 20:32 by 286640313
[考研] 338求调剂 +3 我想上岸ii 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:59 by nepu_uu
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 367求调剂 +3 谢28 2026-03-30 3/150 2026-04-05 13:27 by huangmoli
[考研] 化学357分，考研调剂 +10 .Starry. 2026-04-04 11/550 2026-04-05 10:57 by cql1109
[考研] 283求调剂 +10 A child 2026-04-04 10/500 2026-04-05 08:22 by qlm5820
[考研] 材料调剂 +18 一样YWY 2026-04-02 19/950 2026-04-04 22:14 by hemengdong
[论文投稿] 求文献 5+3 ys879651$ 2026-04-02 3/150 2026-04-04 17:22 by bobvan
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 274求调剂 +10 薛定谔的虎。 2026-04-01 10/500 2026-04-03 10:13 by tianyyysss
[考研] 08开头看过来！！！ +4 wwwwffffff 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:42 by 均值回归
[考研] 261求B区调剂 +5 明仔· 2026-04-01 7/350 2026-04-02 11:17 by 邹尉尉
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 调剂申请 +8 张张张张zy 2026-03-31 9/450 2026-04-01 08:29 by zjbkx
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭