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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » 请帮忙编写一个perl程序处理文本
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-07 09:13:33:
对不起忘了贴代码,补上：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq=$ARGV;
my $seq;
my $title;
open IN,"<$ARGV";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while(&l ...

你好。我还有一个问题，因为我的每条序列都很长，而不是单独的一行，如果gggggcg这个段片段是分布在两行中，那会返回吗？譬如说这样：
>name
ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTGggggtttcccgggaaagtttccgrrgggggcgaact
这个序列用上面的程序能找到吗？
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11楼2012-05-07 15:20:09
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jackie1179

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by essen11 at 2012-05-07 15:20:09:
你好。我还有一个问题，因为我的每条序列都很长，而不是单独的一行，如果gggggcg这个段片段是分布在两行中，那会返回吗？譬如说这样：
>name
ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTGggggtttcccgggaaagtttccgrrggggg ...

如果你的序列名和序列之间有换行符即回车的话，那这个程序要稍加修改，所以你最好把你的原始文件给出来让我们下下来看下，这种文本处理对原始文本的格式必须要清楚才行，否则可能会有意外结果出现。
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12楼2012-05-08 09:02:09
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-08 09:02:09:
如果你的序列名和序列之间有换行符即回车的话，那这个程序要稍加修改，所以你最好把你的原始文件给出来让我们下下来看下，这种文本处理对原始文本的格式必须要清楚才行，否则可能会有意外结果出现。

我的序列是直接从UCSC上下载的fasta格式文件，因为比较大，我copy了两条。你帮忙看看！多谢了。
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  • 附件 1 : 1.fasta
    • 2012-05-08 11:16:53, 8.1 K
13楼2012-05-08 11:17:46
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jackie1179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by essen11 at 2012-05-08 11:17:46:
我的序列是直接从UCSC上下载的fasta格式文件，因为比较大，我copy了两条。你帮忙看看！多谢了。

现在这个应该可以满足你的要求了
参数输入同前，贴上代码：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @name;
my @seqs;
if($ARGV[0] eq '-h' || $ARGV[0] eq '--help') {
  print "Usage: perl ./$0  input_file  substring\n";
  exit(0);
}
if(@ARGV < 2) {
  print "Arguments not enough!\n";
  exit(0);
}
my $cnt=0;
my $subseq=$ARGV[1];
open IN,"<$ARGV[0]";
open OUTFILE, ">outfile.txt";
while({
  if (/^>/) {
    ++$cnt;
    $name[$cnt]=$_;   
   
  }

  if(/^[ATCGatcg]/) {
    chomp;
    $seqs[$cnt] .= $_;
  }

}
print $cnt,"\n";
my $i;
my $length;
foreach (1..$cnt) {
  if($seqs[$_]=~/$subseq/) {
    print OUTFILE "$name[$_]";
    $length=length $seqs[$_];
    for($i=1;$i<=$length;$i++) {
      printf OUTFILE "%s",substr($seqs[$_],$i-1,1);
      if($i%50 == 0) {
        print OUTFILE "\n";
      }
      
    }
  }
}
close IN;
close OUTFILE;
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14楼2012-05-10 10:26:39
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jackie1179

木虫 (正式写手)
另外提醒你一下：
你直接down下来的fasta序列文件很有问题，里面有很多无关字符，请用记事本打开，去除无关字符，将“\par”等字符全部替换为空，否则程序提取会出错
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15楼2012-05-10 10:33:08
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-10 10:26:39:
现在这个应该可以满足你的要求了
参数输入同前，贴上代码：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my @name;
my @seqs;
if($ARGV eq '-h' || $ARGV eq '--help') {
  print "Usage: perl . ...

多谢啊。运行程序倒是可以得到结果，但我一直在想是不是全部符合要求的序列都在结果里面了，因为我用查找替换功能搜索短序列可以得到一万九千多条序列，但是这个程序运行的结果只有一万多条，我在想是不是漏掉了我前面说的那种情况，就是gggggcg分布在两行的时候程序是否也能查找出来。另外，这个程序运行的时候提示 use of uninitialized value in pattern match at find.pl line36 ,line 3101570.出现这个错误是你说的那种有五官字符引起的吗？还是有变量未定义，之前。
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16楼2012-05-10 21:41:54
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jackie1179

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by essen11 at 2012-05-10 21:41:54:
多谢啊。运行程序倒是可以得到结果，但我一直在想是不是全部符合要求的序列都在结果里面了，因为我用查找替换功能搜索短序列可以得到一万九千多条序列，但是这个程序运行的结果只有一万多条，我在想是不是漏掉了 ...

gggggcg即使分布在两行也能够查找到的，如果你把无关字符去除之后的话，那么程序应该没有问题。
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17楼2012-05-11 11:24:01
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jackie1179

木虫 (正式写手)
还有一个可能就是你用查找替换可能是不区分大小写的，如果你不需要区分大小写的话，那么可以再修改下
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18楼2012-05-11 11:28:51
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-11 11:24:01:
gggggcg即使分布在两行也能够查找到的，如果你把无关字符去除之后的话，那么程序应该没有问题。

那我想可能就是无关字符引起的问题了，但是在记事本里怎么可以去除无关字符？
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19楼2012-05-14 12:44:56
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essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by jackie1179 at 2012-05-11 11:28:51:
还有一个可能就是你用查找替换可能是不区分大小写的，如果你不需要区分大小写的话，那么可以再修改下

你好，还有这个问题是什么原因？程序运行的时候提示 use of uninitialized value in pattern match at find.pl line36 ,line 3101570.出现这个错误是你说的那种有无关字符引起的吗？
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20楼2012-05-14 13:53:29
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