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请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与
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现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下： >序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。 >序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。 >序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。 后面还有很多序列 要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是 >序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。 后面还有很多序列。 由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。 请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了 |
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jackie1179
木虫 (正式写手)
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15楼2012-05-10 10:33:08
cmdblock
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【答案】应助回帖
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我只懂一点点，希望能帮到你。 把程序另存为find.pl 运行时输入： perl find.pl 1.txt 程序部分： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $subseq="ccccAg"; my $seq; my $title; open OUTFILE, ">>outfile.txt"; while(<>  {if (/>(\w+) (\w+)/) { $title=$1; $seq=$2; if ($seq=~/$subseq/) { print ">$title\n"; print OUTFILE ">$title\n"; print OUTFILE "$seq\n"; } } } close OUTFILE; |
4楼2012-05-04 20:16:24
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