| 查看: 2451 | 回复: 26 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与
|
||
|
现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下： >序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。 >序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。 >序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。 后面还有很多序列 要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是 >序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。 后面还有很多序列。 由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。 请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
国社科系统bug了，是不是要放榜了？
已经有6人回复
-
申博发邮件
已经有6人回复
-
各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
已经有3人回复
- 编写一个程序处理文本内容，删除长度<10，开头的，不以CTG结尾的那些序列
已经有7人回复
- 请教Windows系统下perl脚本的ARGV应用问题，谢谢
已经有5人回复
- Perl 编程 请大神们帮忙！！！生物信息的牛人请进
已经有11人回复
- 请帮忙翻译一个摘要，汉译英，很短的，谢绝软件翻译。谢谢！
已经有3人回复
- 求助用perl语言编一个程序把一个文件分成两个文件
已经有3人回复
- 程序语言版新子版“Shell&Perl&Python”开版了
已经有452人回复
- 写了一个fortran90的小程序，编译通不过，请大侠帮忙
已经有59人回复
- 【求助】高手帮忙处理一个文本文档
已经有8人回复
- 【求助】请教一个matlab程序，谢谢帮忙！！
已经有15人回复
- 求助一个perl 使用svg，最好要中文的。谢谢！
已经有1人回复
jackie1179
木虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 1929.2
- 红花: 1
- 帖子: 460
- 在线: 47.2小时
- 虫号: 1119284
- 注册: 2010-10-11
- 专业: 生物信息学
9楼2012-05-07 09:13:33
cmdblock
银虫 (正式写手)
- 应助: 23 (小学生)
- 金币: 234.2
- 散金: 79
- 帖子: 719
- 在线: 123.7小时
- 虫号: 1520796
- 注册: 2011-12-02
- 性别: GG
- 专业: 计算机网络
2楼2012-05-04 18:49:29
3楼2012-05-04 19:46:40
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
|
我只懂一点点，希望能帮到你。 把程序另存为find.pl 运行时输入： perl find.pl 1.txt 程序部分： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $subseq="ccccAg"; my $seq; my $title; open OUTFILE, ">>outfile.txt"; while(<>  {if (/>(\w+) (\w+)/) { $title=$1; $seq=$2; if ($seq=~/$subseq/) { print ">$title\n"; print OUTFILE ">$title\n"; print OUTFILE "$seq\n"; } } } close OUTFILE; |
4楼2012-05-04 20:16:24
10