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essen11

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下：
>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。
后面还有很多序列

要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。
后面还有很多序列。

由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。

请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了

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1楼2012-05-04 13:06:29

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41

我只懂一点点，希望能帮到你。
把程序另存为find.pl
运行时输入： perl find.pl 1.txt

程序部分：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq="ccccAg";
my $seq;
my $title;
open OUTFILE, ">>outfile.txt";
while(<>

{

if (/>(\w+) (\w+)/) {
$title=$1;
$seq=$2;
if ($seq=~/$subseq/) {
print ">$title\n";
print OUTFILE ">$title\n";
print OUTFILE "$seq\n";
}

}

}

close OUTFILE;