| 查看: 3038 | 回复: 9 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
dongabcde银虫 (小有名气)
|
[求助]
关于Dmol3优化过渡态搜索问题
|
||||
|
各位好，最近一直再用dmol 搜索过渡态，但是遇到好多的问题，我是算的有机小分子在金属表面上氧化反应机理， 1，首先我用DMOL来优化反应物在金属表面的稳定的吸附构型，但是老是计算出现错误，提示如下： Error: SCF iterations not converged in 50 iterations DELTE = -5.000000000000000E-003 Message: SCF not converging. Choose larger smearing value in DMol3 SCF panel or modify/delete "Occupation Thermal" in the input file. You may also need to change spin or use symmetry. Resubmit DMol3. Message: DMol3 job failed Error: DMol3 exiting 后来没办法只好用Castep 算出有机分子在pt（111）面上的结构优化后的构型，结果发现构型基本上就没大变化，但是也能算出来吸附能，不知道我这样算是否合适，能不能保证是最稳定的吸附位？ 2，然后我再将反应物和产物进行原子配对，配对之后用DMOL 来搜索过渡态，结果一直出现不收敛，一直出下面提示； Message: DMol3 job failed Error: DMol3 exiting Error: SCF iterations not converged in 100 iterations 我改变那个迭代次数改到了400还是出现上面的提示，一直是不收敛的。我把我建立的模型都在附件里面呈现了，请问各位大侠，能不能给在下提一些意见，被这些问题困惑了好长时间了，在线等热心人帮助。我们这边没有用DMOL计算的，老师也不是搞这个的。全是靠一个人在小木虫上寻求帮助。期待好心人。。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : wenti.doc
2014-07-21 21:29:13, 537 K
» 猜你喜欢
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有4人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
-
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
-
石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Dmol3结构优化虚频问题
已经有6人回复
- Dmol3过渡态计算的几个问题
已经有4人回复
- 用Dmol3 LST/QST 计算过渡态的高手进来！
已经有7人回复
- 过渡态优化问题求助
已经有13人回复
- 反应物，过渡态，和生成物能量
已经有5人回复
- Dmol3输出图形文件分析
已经有6人回复
- Dmol3中参数的设置问题。
已经有5人回复
- DMOl3计算过渡态，得出的图初始结构的能量比最终能量高
已经有5人回复
- CASTEP过渡态搜索，过渡态能量很高，怎么办？
已经有18人回复
- 找过渡态，虚频太小，结构接下来怎么调才能找到过渡态？
已经有7人回复
- 如何做氨基酸残基稳定过渡态后的过渡态结构优化？
已经有3人回复
- 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！
已经有18人回复
- Dmol3使用教程
已经有685人回复
- 过渡态搜索前原子配对问题
已经有5人回复
- 怀疑不存在过渡态的反应，DMOL3用LST/QST 过渡态搜索，得到的结构和产物一样
已经有10人回复
- 两个反应物 生成两个产物 如何进行过渡态搜索
已经有10人回复
- CASTEP过渡态搜索，过渡态能量低于反应物
已经有12人回复
- 【求助】MS中dmol3模块——两种分子的共吸附优化
已经有9人回复
- 【原创】MS的过渡态搜索方法不合理！
已经有18人回复
- 【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题
已经有10人回复
- 【求助】Dmol3结构优化
已经有8人回复
- 【求助】过渡态能量竟然比反应物和产物还低
已经有9人回复
- 【求助】Dmol3和Castep的区别
已经有13人回复
- 【求助】DMol3过渡态搜索的相关问题
已经有6人回复
- 【求助】DMol3优化参数的选择
已经有17人回复
- 【求助】过渡态出现2个虚频
已经有10人回复
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3511.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
|
你的问题不仅仅只是调大迭代步数，重点在于前面的问题，否则算出来的结果都是错的。 你确定文献上的一定是对的？一般希望smearing尽可能小，而不是尽量希望大，使得输出文件的kTeS项忽略不计，一般这个忽略不计按照VASP程序手册认为是0.1meV/atom的大小。能量计算在使用了smearing也应该取外推到0K的binding energy。 电子自洽收敛困难的解决方式很多，smearing可以解决，但是其初衷并不是为了这个，并且会影响到能量的计算。 一般难收敛的情况可以调整charge mix和DIIS，使得计算的收敛趋势和收敛速度达到平衡。通常调整这两项就足以解决大部分问题。其他的只能是特殊情况特殊处理。 老师不做指导，让学生做，对这种情况特别反感。尤其是硕士生，未必有那么好的判断力。对这种情况超头疼。 |
8楼2014-07-22 12:41:14
dongabcde
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1328.3
- 散金: 5
- 帖子: 181
- 在线: 135.8小时
- 虫号: 2314182
- 注册: 2013-03-03
- 性别: MM
- 专业: 化工热力学和基础数据
2楼2014-07-21 21:40:17
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3511.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
3楼2014-07-21 23:41:16
dongabcde
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1328.3
- 散金: 5
- 帖子: 181
- 在线: 135.8小时
- 虫号: 2314182
- 注册: 2013-03-03
- 性别: MM
- 专业: 化工热力学和基础数据
4楼2014-07-22 09:36:58
