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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【原创】MS的过渡态搜索方法不合理！
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wexondft

金虫 (小有名气)

[交流] 【原创】MS的过渡态搜索方法不合理！已有12人参与

MS的的DMol和CASTEP模块中提供的LST/QST搜索过渡态的方法不合理！

其利用RMS的收敛标准不能保证每个原子上的力都收敛，也就是无法满足鞍点的要求。

因此用LST/QST方法找过渡态一定要小心，通常得到的能垒是高估的。

在DMol中最好用Eigenvector following找过渡态！！！


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1楼2010-07-07 19:28:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lywiailyw

木虫 (小有名气)
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fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 20:54:08
引用回帖:
2402293楼: Originally posted by charityqi at 2011-03-21 21:15:51
很多时候用ts opt优化选择不同的quality有很大差别，还很可能把所有虚频都消除了。而且，我发现如果我在reaction preview建立轨迹文件时，如果不选择superstructure impose， ts search的结果就不能进行ts confirm ...

ts optimization一般选择生成hessian矩阵之后的最小正频率，而不是选择虚频。所以正常情况下是不会把所有虚频消除的。只有在过渡态计算发现有不止一个虚频时才需要选择负频率进行ts optimization。
对于含多个原子的表面等复杂结构，superimpose structures本来就没办法勾选，但是照样可以对ts search的结果进行ts confirmation，你说的不太对。
ts optimization和ts confirmation都是关联于ts search的独立过程，所以ts confirmation不能，也没必要在ts optimization之后算，这一点你说的是对的。
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17楼2012-11-20 19:30:28
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charityqi

木虫 (小有名气)
★
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但是，用ts search follow EF的方法，的预先设定好过渡态的构型，这对初学者来说，挺难的，而其容易出错。
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14楼2011-03-21 21:10:48
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普通回帖

jghe

金虫 (著名写手)
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lvjian8596(金币+3):感谢交流！ 2010-07-07 22:25:48
DMol中找过渡态要
先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods
再进行 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods
最后再 TS Confirmation - produces a refined reaction path based on an LST or QST search
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2楼2010-07-07 22:09:22
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
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hedaors(金币+1):Thanks 2010-07-08 07:44:51
后续的步骤在castep中都没有
大多数的工作就是用LST/QST在做
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妙不可言
3楼2010-07-07 23:10:55
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akashia

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-07-07 22:09:22:
DMol中找过渡态要
先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods
再进行 TS Optimization - searches for a tr ...

请问您说的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具体是怎么操作的啊？我先是TS Search（同时计算频率）找到了一个过渡态，然后该怎么操作呢？
提示：In order to perform a TS Optimization caculation, a Hessian matrix must be present in the model.A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected.
其中所提到的model是指哪个呢？
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悄然回首，已不知春秋。
4楼2010-07-08 09:55:38
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cherrily

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by wexondft at 2010-07-07 19:28:34:
MS的的DMol和CASTEP模块中提供的LST/QST搜索过渡态的方法不合理！

其利用RMS的收敛标准不能保证每个原子上的力都收敛，也就是无法满足鞍点的要求。

因此用LST/QST方法找过渡态一定要小心，通常得到的能垒是 ...

你说的那个种方法怎么使用 在什么地方设定呢？
谢谢
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5楼2010-07-08 10:13:14
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
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zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-08-21 08:00:13
反应坐标对应的振动模式
引用回帖:
Originally posted by akashia at 2010-07-08 09:55:38:

请问您说的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具体是怎么操作的啊？我先是TS Search（同时计算频率）找到了一个过渡态，然后该怎么操作呢？
提示：In  ...

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妙不可言
6楼2010-07-08 12:25:51
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jghe

金虫 (著名写手)
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zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-08-21 08:00:23
引用回帖:
Originally posted by akashia at 2010-07-08 09:55:38:

请问您说的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具体是怎么操作的啊？我先是TS Search（同时计算频率）找到了一个过渡态，然后该怎么操作呢？
提示：In  ...

计算该过渡态频率，然后选你要的虚频（看振动方向）作 TS Optimization
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7楼2010-07-08 15:44:17
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水座

铁杆木虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-07-08 15:44:17:

计算该过渡态频率，然后选你要的虚频（看振动方向）作 TS Optimization

请问虚频是指计算后得到的负数频率吗？它有什么意义呀？
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8楼2010-08-20 22:36:52
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jghe

金虫 (著名写手)
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zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-08-23 19:50:02
是的，虚频表明在该方向上是能处于极大，而非极小点
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9楼2010-08-23 18:07:52
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daochunhan1327

银虫 (初入文坛)
请问怎么在DMol中最好用Eigenvector following找过渡态呢？

[ Last edited by daochunhan1327 on 2010-11-6 at 14:10 ]
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10楼2010-11-06 13:59:54
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