| 查看: 5153 | 回复: 18 | ||||
[交流]
【原创】MS的过渡态搜索方法不合理！ 已有12人参与
|
||||
|
MS的的DMol和CASTEP模块中提供的LST/QST搜索过渡态的方法不合理！ 其利用RMS的收敛标准不能保证每个原子上的力都收敛，也就是无法满足鞍点的要求。 因此用LST/QST方法找过渡态一定要小心，通常得到的能垒是高估的。 在DMol中最好用Eigenvector following找过渡态！！！ 欢迎讨论！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MS第一性原理 |
» 猜你喜欢
0703化学调剂 348分
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有8人回复
-
材料307分求大佬组收留
已经有9人回复
-
求调剂
已经有33人回复
-
293调剂
已经有15人回复
-
求调剂求调剂
已经有11人回复
-
22408 266求调剂
已经有10人回复
-
一志愿211，化学310分，本科重点双非，求调剂
已经有8人回复
-
一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂
已经有10人回复
-
一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 帮忙说说怎样容易找过渡态？
已经有8人回复
- 利用MS里的Dmol模块搜索过渡态不收敛
已经有5人回复
- 【求助】MS进行过渡态搜索失败，请教原因
已经有7人回复
- 【求助】MS中有关于优化，计算过渡态的各个参数设定方式以及意思是什么啊？请高手指点
已经有28人回复
- 【求助】ms中也搜寻过渡态，那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗？
已经有5人回复
- 【求助】ms中也搜寻过渡态，那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗？
已经有3人回复
- 【求助】用MS算扩散
已经有17人回复
lywiailyw
木虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1980.4
- 散金: 14
- 红花: 1
- 帖子: 267
- 在线: 120.7小时
- 虫号: 756914
- 注册: 2009-04-24
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 20:54:08
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 20:54:08
|
ts optimization一般选择生成hessian矩阵之后的最小正频率，而不是选择虚频。所以正常情况下是不会把所有虚频消除的。只有在过渡态计算发现有不止一个虚频时才需要选择负频率进行ts optimization。 对于含多个原子的表面等复杂结构，superimpose structures本来就没办法勾选，但是照样可以对ts search的结果进行ts confirmation，你说的不太对。 ts optimization和ts confirmation都是关联于ts search的独立过程，所以ts confirmation不能，也没必要在ts optimization之后算，这一点你说的是对的。 |
17楼2012-11-20 19:30:28
charityqi
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2786.7
- 散金: 9
- 红花: 1
- 帖子: 244
- 在线: 52小时
- 虫号: 461394
- 注册: 2007-11-18
- 专业: 化学反应工程
14楼2011-03-21 21:10:48
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+3):感谢交流！ 2010-07-07 22:25:48
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+3):感谢交流！ 2010-07-07 22:25:48
|
DMol中找过渡态要 先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods 再进行 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 最后再 TS Confirmation - produces a refined reaction path based on an LST or QST search |
2楼2010-07-07 22:09:22
cmwangdft
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1870.5
- 散金: 65
- 红花: 2
- 帖子: 111
- 在线: 224小时
- 虫号: 487968
- 注册: 2007-12-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-07-07 23:10:55
akashia
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 318.5
- 散金: 37
- 帖子: 57
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 733830
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
请问您说的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具体是怎么操作的啊？我先是TS Search（同时计算频率）找到了一个过渡态，然后该怎么操作呢？ 提示：In order to perform a TS Optimization caculation, a Hessian matrix must be present in the model.A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 其中所提到的model是指哪个呢？ |
4楼2010-07-08 09:55:38
cherrily
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 6355.8
- 散金: 80
- 帖子: 411
- 在线: 202.8小时
- 虫号: 416393
- 注册: 2007-06-30
- 性别: MM
- 专业: 无机纳米化学
5楼2010-07-08 10:13:14
cmwangdft
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1870.5
- 散金: 65
- 红花: 2
- 帖子: 111
- 在线: 224小时
- 虫号: 487968
- 注册: 2007-12-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2010-07-08 12:25:51
7楼2010-07-08 15:44:17
8楼2010-08-20 22:36:52
9楼2010-08-23 18:07:52
daochunhan1327
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 399.5
- 散金: 2
- 帖子: 25
- 在线: 48.9小时
- 虫号: 754103
- 注册: 2009-04-21
- 专业: 环境化工
10楼2010-11-06 13:59:54
