应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【原创】MS的过渡态搜索方法不合理！
192/2返回列表上一页12
查看: 4809  |  回复: 18
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

watnd

铁虫 (初入文坛)
学习了，谢谢
回复此楼
11楼2010-11-06 14:03:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cherrily

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-07-08 15:44:17:
计算该过渡态频率，然后选你要的虚频（看振动方向）作 TS Optimization

计算得到了TS 后想要做confirmation   是把得到的轨迹文件 （.xtd）进行计算么？  那你还所得选择需要的虚频怎么选择？

谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2011-03-21 15:56:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guillarte

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我刚接触MS，看见你们讨论来学习学习！
赞一下(1人) 回复此楼
天行健，君子当自强不息！
13楼2011-03-21 16:04:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charityqi

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
但是，用ts search follow EF的方法，的预先设定好过渡态的构型，这对初学者来说，挺难的，而其容易出错。
赞一下(2人) 回复此楼
14楼2011-03-21 21:10:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charityqi

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-07-07 22:09:22:
DMol中找过渡态要
先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods
再进行 TS Optimization - searches for a tr ...

很多时候用ts opt优化选择不同的quality有很大差别，还很可能把所有虚频都消除了。而且，我发现如果我在reaction preview建立轨迹文件时，如果不选择superstructure impose， ts search的结果就不能进行ts confirmation的计算。
再者，ts confirmation的计算需要xtd文件，不能在ts opt之后算吧？
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2011-03-21 21:15:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypursuit

铜虫 (初入文坛)
好贴  我顶！
回复此楼
16楼2011-12-06 22:14:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lywiailyw

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 20:54:08
引用回帖:
2402293楼: Originally posted by charityqi at 2011-03-21 21:15:51
很多时候用ts opt优化选择不同的quality有很大差别，还很可能把所有虚频都消除了。而且，我发现如果我在reaction preview建立轨迹文件时，如果不选择superstructure impose， ts search的结果就不能进行ts confirm ...

ts optimization一般选择生成hessian矩阵之后的最小正频率，而不是选择虚频。所以正常情况下是不会把所有虚频消除的。只有在过渡态计算发现有不止一个虚频时才需要选择负频率进行ts optimization。
对于含多个原子的表面等复杂结构，superimpose structures本来就没办法勾选，但是照样可以对ts search的结果进行ts confirmation，你说的不太对。
ts optimization和ts confirmation都是关联于ts search的独立过程，所以ts confirmation不能，也没必要在ts optimization之后算，这一点你说的是对的。
赞一下(2人) 回复此楼
17楼2012-11-20 19:30:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lywiailyw

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 20:54:18
引用回帖:
258189楼: Originally posted by wexondft at 2010-07-07 19:28:34
MS的的DMol和CASTEP模块中提供的LST/QST搜索过渡态的方法不合理！

其利用RMS的收敛标准不能保证每个原子上的力都收敛，也就是无法满足鞍点的要求。

因此用LST/QST方法找过渡态一定要小心，通常得到的能垒是高 ...

不敢同意。LST/QST计算完了之后为什么还要生成Hessian矩阵并再进行ts optimization呢？就是为了看看生成的过渡态是否确实只有一个大虚频的。RMS对于势能面的一阶鞍点与局域最小点都是有效的判断方式。
EF方法的最大问题在于EF法是只基于反应物结构搜索过渡态的算法，因此需要对过渡态有一个合理的初猜，否则难以判断哪个振动模式对应反应路径。另外，即使你不对过渡态结构有任何初猜而放任其彻底从头寻找，那么反应物结构生成Hessian矩阵后，一样很难判断究竟哪一个频率对应反应路径。虽然理论上一般认为反应路径在势能面比较平缓的区域，因此最小的那个频率对应反应路径，但现实计算中早已发现大部分情况都不是这样。选取最小的频率进行优化往往得不到任何结果。
赞一下 回复此楼
18楼2012-11-20 19:42:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Annie4313

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问一下，ts search 之后选定频率后需要点“Animation”吗？ts optimiszaion 时是优化过渡态最小的频率吗？可以选择优化别的频率吗?谢谢！！！！
赞一下 回复此楼
19楼2017-12-12 22:04:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wexondft 的主题更新
192/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭