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keaiweiwei

铜虫 (小有名气)

[求助] 找过渡态,虚频太小,结构接下来怎么调才能找到过渡态?

#p b3lyp/6-31+g(d,p) opt(TS,calcfc,noeigen) freq=noraman

Title Card Required

0 2
N                 -1.58605900    0.76456200   -0.09389600
C                 -2.07994200    2.04350400    0.07000600
N                 -3.47324000    2.11300800    0.04988600
C                 -4.28649000    1.02485800   -0.13792500
C                 -3.78792500   -0.22770800   -0.32283500
C                 -2.33172600   -0.39113500   -0.26257400
O                 -1.38295200    3.03548200    0.22371300
C                 -4.62855900   -1.42837900   -0.52986500
O                 -1.77191900   -1.49537100   -0.34268000
N                  1.25283800    0.49810600   -0.00773500
C                  1.96802600    1.62739000    0.18007400
N                  3.29208400    1.75653600    0.25415400
C                  3.91019300    0.57318500    0.11565200
C                  3.30742200   -0.67232900   -0.08350400
C                  1.89485400   -0.68615600   -0.14552100
N                  4.25212100   -1.67955100   -0.18283400
C                  5.39922300   -1.05719300   -0.04687900
N                  5.26053700    0.30500200    0.13638600
N                  1.18047400   -1.80996100   -0.33516200
H                  1.37671300    2.53383300    0.28150800
H                  5.99630300    0.98493500    0.26334700
H                  6.37160500   -1.52982400   -0.07052700
H                  0.16129400   -1.77958600   -0.35566100
H                  1.66612700   -2.68843700   -0.42757100
H                 -3.85860400    3.03959300    0.17285300
H                 -5.35179900    1.23005000   -0.13766500
H                 -4.61510705   -2.17569012    0.44499066
H                 -4.29549002   -2.04297461   -1.37021438
H                 -5.69388538   -1.19981585   -0.61050360
H                 -0.53898900    0.66605100   -0.05885600
O                 -4.37051876   -2.82545533    1.36176857
H                 -3.80883726   -3.62459077    1.43724313
       以上是我计算的一个分子的过渡态的输入文件,但是这样的结构算下来虚频为负410,用gaussianview看了下结构,不太符合,也试着微调了一下结构,但是虚频还是这个值左右,其他类似的结构得到的虚频是负的一千多,求助大家帮下忙啊,新手上路,懂得太少。。。。。
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一起吃苦的幸福
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luosizuo

禁虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

2楼2013-01-12 17:42:26
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3楼2013-01-12 18:05:54
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eaglesofei

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的自旋多重度用的2,说明有单电子,但为何不用Ub3lyp呢?
虚频的这个值也不算小,主要是要振动模式对,如果振动模式不对的话,说明结构不对呀,应该重新调结构
4楼2013-01-13 14:15:25
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keaiweiwei

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by luosizuo at 2013-01-12 17:42:26
这个虚频不算很小吧!结构里是不是可能有中间体,可以做下IRC试试

好的,我试试,多谢
一起吃苦的幸福
5楼2013-01-14 16:34:57
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keaiweiwei

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by eaglesofei at 2013-01-13 14:15:25
你的自旋多重度用的2,说明有单电子,但为何不用Ub3lyp呢?
虚频的这个值也不算小,主要是要振动模式对,如果振动模式不对的话,说明结构不对呀,应该重新调结构

b3lyp是参考别人的用的,用Gview比较了下其他位点上氢原子的移动,感觉虚频还是小了点,不知道该根据啥原则调结构呢?我之前调了下键长,键角但是结果还是一样,关于调结构能给点啥建议不?
一起吃苦的幸福
6楼2013-01-14 16:37:12
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ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by eaglesofei at 2013-01-13 14:15:25
你的自旋多重度用的2,说明有单电子,但为何不用Ub3lyp呢?
虚频的这个值也不算小,主要是要振动模式对,如果振动模式不对的话,说明结构不对呀,应该重新调结构

自旋多重度不为1时,ub3lyp不是默认的吗?
7楼2013-01-15 16:23:14
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marson

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ZJboy at 2013-01-15 16:23:14
自旋多重度不为1时,ub3lyp不是默认的吗?...

我也觉得自旋多重读不为1时,ub3lyp是默认的~
思想有多远,我们就能走多远~
8楼2013-03-21 16:20:54
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