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lstone03

木虫 (小有名气)

[交流] 对TS方法找到过渡态后确定产物的疑惑

用TS方法找出过渡态，然后如何确定产物？是用IRC找到对应的最低点，那是否就认为最低点就是产物呢？对最低点的对应的构型是否还需要优化来得到产物结构？此外怎么计算能量，可以直接用IRC对应的能量点吗？对产物的能量时放在一起算还是分开算？理由是什么？
这是小弟最近算GAUSS产生的疑问，我之前是采用IRC扫描看可能的产物，然后将产物分开优化算能量，最后加起来作为总产物的能量，现在不知道这样是不是合适，所以发帖和大家交流一下！
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1楼 2012-03-10 11:33:57
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ldzh0531

木虫 (小有名气)
★
gmy1990(金币+1): 2012-03-12 21:29:28
引用回帖:
13楼: Originally posted by lstone03 at 2012-03-12 18:46:10:
那我还想再问一下，那你们是怎么找到产物的呢？

那我简单说一下用IRC找产物的过程吧，不一定是最好的。分别优化IRC跑出来的反应物和产物，如果优化出来的反应物跟原来的反应物一样，那么产物就是要找的，否则就要重新找过渡态了
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14楼2012-03-12 21:15:39
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
34楼: Originally posted by zlbabomb at 2013-03-21 09:32:19
你好，我想问个问题，如果我的一个反应中，a、b都是带一个负电荷的，另外一个都是碱c带一个正电荷的，我算a到b的生成焓能分别算a、b，然后b能量减a能量得到生成焓，还是要把c的结构和a画一起算，另外c的结构也和b画 ...

这个我也不是很清楚，我感觉是不是C在反应中只是一个促进作用，结构没有变化，是不是可以看做相当于催化剂？如果是的话，我觉得只算a、b就可以了。
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36楼2013-03-21 12:29:12
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普通回帖

lstone03

木虫 (小有名气)
不会就这么沉了吧。。。
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2楼2012-03-10 14:55:21
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lstone03

木虫 (小有名气)
我自己再顶一下！
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3楼2012-03-10 18:44:17
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小红豆

主管区长 (知名作家)
★
lstone03(金币+1):谢谢参与
可以看虚频 或者力常熟
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5楼2012-03-10 20:22:53
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 小红豆 at 2012-03-10 20:22:53:
可以看虚频 或者力常熟

看虚频只能判断它是否是过渡态和产物，貌似和我问的问题不是很对应。。。
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6楼2012-03-11 10:21:47
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
★
lstone03(金币+1):谢谢参与
irc出来的构型是要优化的。至于你说的能量的问题，没看明白！！！
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7楼2012-03-11 16:16:04
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-03-11 16:16:04:
irc出来的构型是要优化的。至于你说的能量的问题，没看明白！！！

我的意思就是说如果产物是两个分子，那该怎么计算能量，分来计算还是和在一块计算。。。
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8楼2012-03-11 19:41:15
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南山核桃

金虫 (小有名气)
虽然看不明白，但是貌似很厉害的样子
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9楼2012-03-11 22:04:33
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lstone03

木虫 (小有名气)
我自己再顶一下，看有没有人回答！
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10楼2012-03-12 09:43:01
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ewuyanfei

木虫 (职业作家)
★
lstone03(金币+1): 谢谢参与
帮顶一个：）祝一切顺利：）
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11楼2012-03-12 10:02:34
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
★
gmy1990(金币+1): 2012-03-12 21:29:15
引用回帖:
8楼: Originally posted by lstone03 at 2012-03-11 19:41:15:
我的意思就是说如果产物是两个分子，那该怎么计算能量，分来计算还是和在一块计算。。。

我认为应该一块计算。产物是多个分子的话，相互之间或多或少会有影响。
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12楼2012-03-12 11:38:33
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-03-12 11:38:33:
我认为应该一块计算。产物是多个分子的话，相互之间或多或少会有影响。

那我还想再问一下，那你们是怎么找到产物的呢？
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13楼2012-03-12 18:46:10
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by ewuyanfei at 2012-03-12 10:02:34:
帮顶一个：）祝一切顺利：）

谢谢！
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17楼2012-03-13 21:50:12
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-03-12 21:15:39:
那我简单说一下用IRC找产物的过程吧，不一定是最好的。分别优化IRC跑出来的反应物和产物，如果优化出来的反应物跟原来的反应物一样，那么产物就是要找的，否则就要重新找过渡态了

谢谢，我现在觉得对我已经很有启发了，接下来我会试试看！
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18楼2012-03-13 21:50:51
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 江南的竹 at 2012-03-12 21:37:27:

谢谢！
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19楼2012-03-13 21:51:06
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by afg33 at 2012-03-12 22:19:21:

谢谢！
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20楼2012-03-13 21:51:12
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前世飞儿

银虫 (小有名气)
★
lstone03(金币+1): 谢谢参与
irc跑得结果只能是接近产物，因为不管怎么走你的两个分子都是有关系的。而你的产物如果是两个分子的话，理论上是没有关系的了。所以能量就像你做的那样，要把两个产物都再优化出来，能量加和就是产物的能量。irc只是看你的过度态是不是有跑向反应物和产物的趋势
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21楼2012-03-14 08:52:20
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 前世飞儿 at 2012-03-14 08:52:20:
irc跑得结果只能是接近产物，因为不管怎么走你的两个分子都是有关系的。而你的产物如果是两个分子的话，理论上是没有关系的了。所以能量就像你做的那样，要把两个产物都再优化出来，能量加和就是产物的能量。irc只 ...

我想问一下将两个产物分别优化加和的依据是什么？能够给出一些参考文献吗？
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22楼2012-03-14 09:34:24
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前世飞儿

银虫 (小有名气)
引用回帖:
22楼: Originally posted by lstone03 at 2012-03-14 09:34:24:
我想问一下将两个产物分别优化加和的依据是什么？能够给出一些参考文献吗？

不好意思，这也仅仅是个人看法，我没有仔细研究过。以前算过过度态，师兄当时是这么解释的，我觉得合情合理，就应用了。irc毕竟只是个路径分析过程。
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23楼2012-03-14 11:30:32
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 前世飞儿 at 2012-03-14 11:30:32:
不好意思，这也仅仅是个人看法，我没有仔细研究过。以前算过过度态，师兄当时是这么解释的，我觉得合情合理，就应用了。irc毕竟只是个路径分析过程。

我想再问一下，那你的这两个产物又是怎么得来的呢？
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24楼2012-03-14 13:48:16
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前世飞儿

银虫 (小有名气)
？？？产物是你自己设定的啊，你要做动力学，肯定是研究某个基元反应把，基元反应总要有反应物和产物把。产物也是自己构建然后优化到稳定能量点
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25楼2012-03-15 17:24:18
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 前世飞儿 at 2012-03-15 17:24:18:
？？？产物是你自己设定的啊，你要做动力学，肯定是研究某个基元反应把，基元反应总要有反应物和产物把。产物也是自己构建然后优化到稳定能量点

我明白你的意思了，你是用QST2和QST3方法找过渡态，但是如果用TS方法找过渡态的话，产物就不是确定的了！
不过我在想，既然产物是自己设定的，那么在写输入文件的时候产物不就肯定是放在一起的，那为什么能量不是和在一块儿算而是分开算？
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26楼2012-03-15 22:21:43
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
27楼: Originally posted by 林某某 at 2012-03-15 23:21:09:

谢谢支持！
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28楼2012-03-16 10:42:57
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寒心雪

铁虫 (小有名气)
学习支持
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29楼2012-04-18 10:14:05
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nedved33

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我觉得能量应该算合在一起的，不是分开算加合，因为两个分子间也是有相互作用力的，算能量这点要考虑进去
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30楼2012-04-20 17:46:14
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
30楼: Originally posted by nedved33 at 2012-04-20 17:46:14
我觉得能量应该算合在一起的，不是分开算加合，因为两个分子间也是有相互作用力的，算能量这点要考虑进去

合在一起算的话 是不是 就是“络合物”的意思？
反应物时 两个分子离得很远  范德华作用 还在一起
产物时  新生成的两分子 也是因为弱相互作用 还在一起？
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31楼2012-06-14 16:05:19
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sduzhaoyyang

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我觉得是分开了计算吧，除非两个产物是络合在一起的吧。
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32楼2012-09-10 16:29:04
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wuhua5555

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我也做过量化计算关于高斯的，我能看得懂你的问题，能量的话我一般是产物两部分加起来算的，没有为什么，也没啥依据，因为这样跟实验结果貌似比较接近吧。问下你的这个问题解决了么？时隔一年了。。。
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33楼2013-03-20 21:10:07
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zlbabomb

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
33楼: Originally posted by wuhua5555 at 2013-03-20 21:10:07
你好，我也做过量化计算关于高斯的，我能看得懂你的问题，能量的话我一般是产物两部分加起来算的，没有为什么，也没啥依据，因为这样跟实验结果貌似比较接近吧。问下你的这个问题解决了么？时隔一年了。。。

你好，我想问个问题，如果我的一个反应中，a、b都是带一个负电荷的，另外一个都是碱c带一个正电荷的，我算a到b的生成焓能分别算a、b，然后b能量减a能量得到生成焓，还是要把c的结构和a画一起算，另外c的结构也和b画一起算，然后算能量差？
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34楼2013-03-21 09:32:19
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
33楼: Originally posted by wuhua5555 at 2013-03-20 21:10:07
你好，我也做过量化计算关于高斯的，我能看得懂你的问题，能量的话我一般是产物两部分加起来算的，没有为什么，也没啥依据，因为这样跟实验结果貌似比较接近吧。问下你的这个问题解决了么？时隔一年了。。。

我后来都是按分开算的，理由就像上面说的毕竟产物不算是络合物吧。。。
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35楼2013-03-21 12:27:21
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wuhua5555

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
35楼: Originally posted by lstone03 at 2013-03-21 12:27:21
我后来都是按分开算的，理由就像上面说的毕竟产物不算是络合物吧。。。...

恩，我也觉得应该这样子的
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37楼2013-03-21 16:20:39
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wuhua5555

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
34楼: Originally posted by zlbabomb at 2013-03-21 09:32:19
你好，我想问个问题，如果我的一个反应中，a、b都是带一个负电荷的，另外一个都是碱c带一个正电荷的，我算a到b的生成焓能分别算a、b，然后b能量减a能量得到生成焓，还是要把c的结构和a画一起算，另外c的结构也和b画 ...

说实话我没大看懂你的问题呀。（另外一个都是碱c带一个正电荷的，??）这是什么意思
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38楼2013-03-21 16:21:57
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zlbabomb

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
38楼: Originally posted by wuhua5555 at 2013-03-21 16:21:57
说实话我没大看懂你的问题呀。（另外一个都是碱c带一个正电荷的，??）这是什么意思...

相当于碱C在体系中是得到一个氢质子的形式存在的
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39楼2013-03-22 09:10:58
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zlbabomb

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
36楼: Originally posted by lstone03 at 2013-03-21 12:29:12
这个我也不是很清楚，我感觉是不是C在反应中只是一个促进作用，结构没有变化，是不是可以看做相当于催化剂？如果是的话，我觉得只算a、b就可以了。...

哦，非常感谢你的回复，C作为碱在体系中确实类似于催化剂，开始夺质子而已，这样的话我考虑还是分开算了，毕竟一起的话原子数都70多个了，太痛苦
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40楼2013-03-22 09:12:53
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简单回复
闫璟20114楼
2012-03-10 18:58   回复  
lstone03(金币+1):谢谢参与
江南的竹15楼
2012-03-12 21:37   回复  
lstone03(金币+1): 谢谢参与
afg3316楼
2012-03-12 22:19   回复  
lstone03(金币+1): 谢谢参与
林某某27楼
2012-03-15 23:21   回复  
lstone03(金币+1): 谢谢参与
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