应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教CASTEP过渡态里面如何消除虚频？
171/1返回列表
查看: 3470  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

04nylxb

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教CASTEP过渡态里面如何消除虚频？

请问，用CASTEP作过渡态搜索的时候，虚频该如何消除呢？我算了几个过渡态，都有两到三个比较大的虚频（用phonon计算的，看G点的频率，请见附图），2500i 500i 350i这样大小的。网上很多Guassian消除虚频的文章，那CASTEP该如何消虚频呢？

在网上看到，大家用这种方法在Gaussian里消虚频：“虚频振动坐标加和乘以系数加到相应的原子坐标上去”，请教，这里面相应的原子坐标是指反应物的还是过渡态的原子坐标？加完之后，继续优化。是否是指对过渡态进行构型优化；还是指加到反应物坐标后，对其进行构型优化，再次搜索过渡态？不胜感激。

求指点，在这点上卡了很久了……




2500i的振动如下





[ Last edited by 04nylxb on 2010-12-2 at 12:10 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-22 23:01:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

04nylxb

木虫 (正式写手)
att，自己顶，求指点……
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-23 18:29:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
晕啊，求高人……
回复此楼
3楼2010-11-24 15:19:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
还是得自己顶，呵呵
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-01 08:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
youzhizhe(金币+3):谢谢参与交流。 2010-12-01 21:26:24
04nylxb(金币+5):收到非常感谢，我把信息给出 2010-12-01 22:23:05
最好把三个的在震动模式给出来

感觉，过渡态的虚频跟一般稳定结构的虚频还不大一样，
建议：希望把三个虚频的详细信息给出（哪个官能团的，如何振动的），
1，重新搜索下呢。（估计不行）。
2，如果不行的话，加大一点力的收敛精度。
3，把过渡态的虚频的那几个原子固定了，然后只优化那部分不需要的虚频的原子。然后再优化下所有的原子
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-12-01 21:25:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-12-01 21:25:22:
最好把三个的在震动模式给出来

感觉，过渡态的虚频跟一般稳定结构的虚频还不大一样，
建议：希望把三个虚频的详细信息给出（哪个官能团的，如何振动的），
1，重新搜索下呢。（估计不行）。
2，如果不行的话 ...

多谢啊。图放上去了，搜索的是CH3OH->CH3+OH这个过渡态，有如上三个频率。
您说的固定振动的原子，然后进行优化，这一步的优化是指就是普通的geometry optimization还是其它？不胜感激。
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-01 22:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)
★
04nylxb(金币+3):收到，多谢，我看下振动动画，呵呵，我看下能不能放gif的动画 2010-12-02 12:02:37
youzhizhe(金币+1):鼓励交流。 2010-12-03 01:32:34
引用回帖:
Originally posted by 04nylxb at 2010-12-01 22:32:52:


多谢啊。图放上去了，搜索的是CH3OH->CH3+OH这个过渡态，有如上三个频率。
您说的固定振动的原子，然后进行优化，这一步的优化是指就是普通的geometry optimization还是其它？不胜感激。

我是想知道，那2000多，500多，400多的虚频都属于哪个原子往哪个方向振动的？
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-02 09:07:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-12-02 09:07:16:

我是想知道，那2000多，500多，400多的虚频都属于哪个原子往哪个方向振动的？

多谢指点，呵呵，我放了一个2500i的，截了几张图，不知道是否可以？
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-02 12:12:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
为什么要让过度态的振动不出现虚频呢？
赞一下 回复此楼
9楼2010-12-02 12:37:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-12-02 12:37:48:
为什么要让过度态的振动不出现虚频呢？

呵呵，消掉两个，只剩下一个
赞一下 回复此楼
10楼2010-12-02 12:53:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
04nylxb(金币+1):化学反应中，过渡态只能有一个虚频，所以，需要消掉多余的虚频，呵呵 2010-12-02 14:37:01
引用回帖:
Originally posted by 04nylxb at 2010-12-02 12:53:05:
呵呵，消掉两个，只剩下一个

我问的是您“为什么要让过度态的振动不出现虚频呢？”
根据我的问题，我看不懂您的回答哦。
赞一下 回复此楼
11楼2010-12-02 13:05:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★ ★
04nylxb(金币+1):收到，非常感谢 2010-12-02 16:48:34
youzhizhe(金币+2):谢谢交流。 2010-12-03 01:32:58
呵呵，谢谢楼主的回答和金币。一般来说是这样的，既然数值找到的过度态，人为就不要去改变它了，不然就变成非过度态了。除非搜索方法不好，这时建议用NEB方法+较高的力收敛判据。在过度态比较准确找到的前提下，出现一些不高的虚频，很可能是：
（1）电子自恰计算精度不高。因为振动频率的计算在收敛精度上要比总能来得苛刻。
（2）计算超原包太小导致neighbouring images之间的较小的相互作用会，从而出现一些意外的虚频。（我看楼主的超原胞好像较小，不知道够大了乎？）

祝：好运！


[ Last edited by lfhuang on 2010-12-2 at 16:28 ]
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2010-12-02 16:26:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-12-02 16:26:31:
呵呵，谢谢楼主的回答和金币。一般来说是这样的，既然数值找到的过度态，人为就不要去改变它了，不然就变成非过度态了。除非搜索方法不好，这时建议用NEB方法+较高的力收敛判据。在过度态比较准确找到的前提下，出 ...

嗯，非常感谢。我再加大下力的收敛精度试一下，调整结构试了很多了，总是无法消掉多余的虚频。我感觉我的过渡态虚频都挺大的，可能是结构上的原因。CASTEP貌似无法用NEB，郁闷，唉。超胞大小我根据别人文献取了一个计算量小的2x2.
赞一下 回复此楼
13楼2010-12-02 16:51:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-04 19:22:40
为什么反应物产物都是2个C原子，振动频率的图只有1个C原子啊？
赞一下(2人) 回复此楼
14楼2010-12-04 19:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-12-04 19:08:47:
为什么反应物产物都是2个C原子，振动频率的图只有1个C原子啊？

哈哈，sorry啊，第一张的那个过程图是另外一个基元反应的，实际算的是甲醇降解得到甲基和羟基，CH3OH->CH3+OH，一直在对这个反应的过渡态进行消虚频。当时发帖的时候图方便，就把工作汇报里面的一张ppt放上来了。
我试了下加大收敛要求，RMS改为fine，仍有三四个，唉。都想放弃了，郁闷。
赞一下 回复此楼
15楼2010-12-05 08:26:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cshcgy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主，问个个问题吧
我用castep算了，过渡态，请问 是 通过计算 声子  看虚频吗？
我算过渡态 的 声子的时候 提示我 需要优化，那过渡态 优化之后 还是 过渡态吗？
大虾，帮帮忙吧~~~感激不尽啊~
赞一下 回复此楼
16楼2012-03-08 10:07:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by cshcgy at 2012-03-08 10:07:07:
楼主，问个个问题吧
我用castep算了，过渡态，请问 是 通过计算 声子  看虚频吗？
我算过渡态 的 声子的时候 提示我 需要优化，那过渡态 优化之后 还是 过渡态吗？
大虾，帮帮忙吧~~~感激不尽啊~

已站内信你，呵呵。
是算声子的，只是我没遇到还需要优化的啊。
我很久没用CASTEP了，转向VASP了，CASTEP太贵了。以后可能用PWSCF
赞一下 回复此楼
17楼2012-03-08 13:57:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 04nylxb 的主题更新
171/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭