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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 关于Dmol3优化过渡态搜索问题
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dongabcde

银虫 (小有名气)

[求助] 关于Dmol3优化过渡态搜索问题

各位好，最近一直再用dmol 搜索过渡态，但是遇到好多的问题，我是算的有机小分子在金属表面上氧化反应机理，
1，首先我用DMOL来优化反应物在金属表面的稳定的吸附构型，但是老是计算出现错误，提示如下：
Error: SCF iterations not converged in   50 iterations       DELTE =  -5.000000000000000E-003
Message: SCF not converging. Choose larger smearing value in DMol3 SCF panel
or modify/delete "Occupation  Thermal" in the input file.
You may also need to change spin or use symmetry.
Resubmit DMol3.
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
后来没办法只好用Castep 算出有机分子在pt（111）面上的结构优化后的构型，结果发现构型基本上就没大变化，但是也能算出来吸附能，不知道我这样算是否合适，能不能保证是最稳定的吸附位？
2，然后我再将反应物和产物进行原子配对，配对之后用DMOL 来搜索过渡态，结果一直出现不收敛，一直出下面提示；
   Message: DMol3 job failed
   Error: DMol3 exiting
   Error: SCF iterations not converged in  100 iterations
我改变那个迭代次数改到了400还是出现上面的提示，一直是不收敛的。我把我建立的模型都在附件里面呈现了，请问各位大侠，能不能给在下提一些意见，被这些问题困惑了好长时间了，在线等热心人帮助。我们这边没有用DMOL计算的，老师也不是搞这个的。全是靠一个人在小木虫上寻求帮助。期待好心人。。
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  • 附件 1 : wenti.doc
    • 2014-07-21 21:29:13, 537 K

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1楼 2014-07-21 21:30:19
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dongabcde

银虫 (小有名气)
希望有哪位高手帮帮我，自己顶起来，感激不尽
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2楼2014-07-21 21:40:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
请把dmol优化结构出错的outmol完整传上来，这样才能诊断。
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3楼2014-07-21 23:41:16
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-07-21 23:41:16
请把dmol优化结构出错的outmol完整传上来，这样才能诊断。

我把outmol文件上传了，麻烦你能帮着看一下。再次感谢
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4楼2014-07-22 09:36:58
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-07-21 23:41:16
请把dmol优化结构出错的outmol完整传上来，这样才能诊断。

这是出错的outmol，麻烦你给看一下谢谢
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  • 附件 1 : outmol文件.doc
    • 2014-07-22 09:39:08, 427 K
5楼2014-07-22 09:39:59
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
我简单看了一下，首先，如Pt原子需要采用赝势，ecp或dspp，在core treatment选择effective core或DFT semi-core。
medium的精度是靠不住的，建议采用fine的精度。
另外就是新手尤其是对dmol的用户要注意的就是k和smearing一定要测试并且两者要协调。
上述是计算参数选择不合理的地方，从迭代的情况来看，其实两个基态的计算可以收敛，只是迭代步数太少，建议吧scf maxcycle调整到150。
在两个基态计算都成功再来考虑过渡态的问题。
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6楼2014-07-22 11:12:15
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-07-22 11:12:15
我简单看了一下，首先，如Pt原子需要采用赝势，ecp或dspp，在core treatment选择effective core或DFT semi-core。
medium的精度是靠不住的，建议采用fine的精度。
另外就是新手尤其是对dmol的用户要注意的就是k和 ...

谢谢你，那我就把迭代次数调大一些试试，你说还有可能是我的k点或者smearing 数值设的不对麽?我也是看的一个文献上数值参考了一下，但是吸附的有机物不一样，想问一下smearing最大能设多大，
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7楼2014-07-22 12:17:57
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
7楼: Originally posted by dongabcde at 2014-07-22 12:17:57
谢谢你，那我就把迭代次数调大一些试试，你说还有可能是我的k点或者smearing 数值设的不对麽?我也是看的一个文献上数值参考了一下，但是吸附的有机物不一样，想问一下smearing最大能设多大，...

你的问题不仅仅只是调大迭代步数，重点在于前面的问题，否则算出来的结果都是错的。

你确定文献上的一定是对的？一般希望smearing尽可能小，而不是尽量希望大，使得输出文件的kTeS项忽略不计，一般这个忽略不计按照VASP程序手册认为是0.1meV/atom的大小。能量计算在使用了smearing也应该取外推到0K的binding energy。

电子自洽收敛困难的解决方式很多，smearing可以解决，但是其初衷并不是为了这个，并且会影响到能量的计算。

一般难收敛的情况可以调整charge mix和DIIS，使得计算的收敛趋势和收敛速度达到平衡。通常调整这两项就足以解决大部分问题。其他的只能是特殊情况特殊处理。

老师不做指导，让学生做，对这种情况特别反感。尤其是硕士生，未必有那么好的判断力。对这种情况超头疼。
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8楼2014-07-22 12:41:14
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-07-22 12:41:14
你的问题不仅仅只是调大迭代步数，重点在于前面的问题，否则算出来的结果都是错的。

你确定文献上的一定是对的？一般希望smearing尽可能小，而不是尽量希望大，使得输出文件的kTeS项忽略不计，一般这个忽略不计 ...

非常感谢你的指导，那我就从你提的那几个方面试试吧，万分感谢，不过没办法给你金币呀！你能不能给我你的求求号，或者为了保护你的隐私我把求求号留下你加上我吧日后有问题还得有劳你呢，我的求求号是919394686
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9楼2014-07-22 15:23:52
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kobe6777

新虫 (小有名气)
新手求助Dmol3算过渡态的过程和方法，能否留下联系方式，谢谢！
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10楼2014-07-22 21:28:28
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