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zq4725106新虫 (初入文坛)
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[求助]
如何根据已知基因组序列拼接未知序列 已有1人参与
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各位大虾，最近实验室测了一株菌，测得草图，比对发现与genebank 中的一株菌（complete sequence）的相似度达99%，如何根据这个已知的序列拼接我测的序列？请各位大虾赐教 PS：scaffold 有280个，如果挨个比对的话太耗时 |
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 生物信息学 |
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凌波丽
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DNAstar中的SeqMan软件包也可以用于序列拼接。启动：DNAstar中的SeqMan，选择File--->New，建立一个新文件，在Unassembled Sequences窗口，既然要拼接DNA序列，肯定不止一个文件，把它们都建在在Unassembled Sequences窗口下的大的对话框里，自己对每一个文件七个文件名。然后选择窗口上端的“add Sequence”按键，选择要拼接的各个文件，或者就选Add All键。窗口上有个"Trim Ends"，点击打开，拉下菜单，在里面选项里选择一些优化的选项选择严谨度。退出对话框，再点击Unassembled Sequences窗口右边的Options按键，打开Options菜单，显示转配前的全部选择一览表，单击Scan All，可以自行根据对话框内的各种提示调整设定或者使用默认设定，为调整好的话，程序会有提示。设定好之后退出Options菜单，返回Unassembled Sequences窗口界面，点击左上角的Assemble按键，Unassembled Sequences窗口立即消失，报告窗口会显示装配进度。 拼装完毕后，点击Contig---->Alignment View观看信息，在Alignment of Contig窗口中。 如果输入的序列信息DNAstar无法识别，可以用DNAstar的文件转换功能转换文件格式后再拼接序列。 具体操作可以参考网上的最新版本的DNAstar程序与对应软件说明。 |
3楼2014-07-09 11:22:56
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建议使用：Velvet软件包：http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/Velvet，具体操作请见：薛庆中 等 编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012年，第三版，325-333，第17章 全基因组序列拼接的流程和方法。 生物信息学参考书： 1.薛庆中 等 编著 ，DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下载后即可阅读。 2.薛庆中 等 编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。 薛庆中 等 编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2010年，第二版 和 薛庆中 等 编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012年，第三版，都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。 |
2楼2014-07-09 10:28:10
zq4725106
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