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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 叶绿体序列拼接
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cgdsbsd

新虫 (初入文坛)

[求助] 叶绿体序列拼接 已有1人参与

我现在有基因组数据、转录组数据，怎么提取出叶绿体基因，并且拼接成一个圆环啊？
我开始是想先用一个从NCBI上下载的一个相近物种的叶绿体基因做reference，然后用soap2把基因组序列mapping到reference上，筛选出可能是叶绿体的短read，用soapdenovo将这些read拼接成contig，然后用BWA mapping在reference上，看有多少gap  ，在gap两端设计引物做PCR，将gap补满，不知道这个思路对不对？
现在我得出的短read都是单序列，没有成对的，然后从头合成拼接的时候生成2500多条contig,而且最长的才300多bp，没有scafer生成，下一步不知道该怎么继续了，很茫然，请各位大牛帮忙，谢谢。。。
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求知。。。
1楼 2012-07-27 11:44:02
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mycaas

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
gap可以先用软件补一补，不一定要用PCR
没有pair-end信息做scaffold确实挺困难
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2楼2012-07-27 17:06:54
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xiaokoupu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
呵呵，我觉得是不是还可以确定些保守基因，然后利用这些基因通过相似性钓一些short reads，因为mappin的mismatch一般<2，用基因去钓取可以适当放宽些条件，然后把钓取的序列添加进去再拼接；没这么做过，如果lz有兴趣这么做，完了告诉我下效果怎么样啊，哈哈
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3楼2012-07-28 21:53:02
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cgdsbsd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mycaas at 2012-07-27 17:06:54
gap可以先用软件补一补，不一定要用PCR
没有pair-end信息做scaffold确实挺困难

xie  xie   
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求知。。。
4楼2012-07-30 10:07:29
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cgdsbsd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaokoupu at 2012-07-28 21:53:02
呵呵，我觉得是不是还可以确定些保守基因，然后利用这些基因通过相似性钓一些short reads，因为mappin的mismatch一般<2，用基因去钓取可以适当放宽些条件，然后把钓取的序列添加进去再拼接；没这么做过，如果lz有 ...

怎么确定保守基因?hai   you  soapdenovo    de   config_file   zen   me   she   zhi   can  shu   a   ?   xie   xie  zhi   jiao  ...
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求知。。。
5楼2012-07-30 11:19:51
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tw7649116

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

目前我也在做水稻叶绿体基因组组装，原始数据如下是水稻基因组重测序数据（rawdata.fastq.gz），根据相关文献已经进行了以下分析：
利用bwa得到mapping到reference的.bam文件
利用samtools从bam文件提取mapped reads.bam（20M左右）
利用soapdenovo或者velvet进行组装获得了scaffold序列，但是只有100k不到，而水稻叶绿体基因组大约130多k
下面就不知道怎么做了，也不知道前面的步骤对不对！

楼主问题解决了吗？是怎么做的呢？
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6楼2014-04-28 18:50:25
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nn219

新虫 (初入文坛)
我们是先把原始数据做一个质控，然后用SOAPdenovo或CLC软件拼接成contig或scafford,然后找参考序列，挑出叶绿体序列，再手动拼接，gap一般可以用不同的拼接软件试下看能不能补齐。

另外，楼主可以告诉我SOAPdenovo的具体操作么
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7楼2015-01-13 10:28:44
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赖苏亮

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by nn219 at 2015-01-13 10:28:44
我们是先把原始数据做一个质控，然后用SOAPdenovo或CLC软件拼接成contig或scafford,然后找参考序列，挑出叶绿体序列，再手动拼接，gap一般可以用不同的拼接软件试下看能不能补齐。

另外，楼主可以告诉我SOAPdeno ...

你好！
      我现在也在做叶绿体基因组拼接，我的思路跟你的很相似，请问如果先拼接然后再筛选出叶绿体序列，会不会由于软件的误差将核的跟线粒体的序列也拼进去，而导致拼接错误？
      我看许多文献都是先用一个近缘物种的叶绿体基因组作为reference筛选叶绿体reads，然后再拼接的。
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8楼2016-06-05 17:13:48
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筱杨i

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赖苏亮 at 2016-06-05 17:13:48
你好！
      我现在也在做叶绿体基因组拼接，我的思路跟你的很相似，请问如果先拼接然后再筛选出叶绿体序列，会不会由于软件的误差将核的跟线粒体的序列也拼进去，而导致拼接错误？
      我看许多文献都是先用 ...

能请问一下是怎么筛选的叶绿体基因组么

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9楼2019-03-05 16:23:49
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