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新虫 (初入文坛)

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[求助] 叶绿体序列拼接已有1人参与

我现在有基因组数据、转录组数据，怎么提取出叶绿体基因，并且拼接成一个圆环啊？
我开始是想先用一个从NCBI上下载的一个相近物种的叶绿体基因做reference，然后用soap2把基因组序列mapping到reference上，筛选出可能是叶绿体的短read，用soapdenovo将这些read拼接成contig，然后用BWA mapping在reference上，看有多少gap ，在gap两端设计引物做PCR，将gap补满，不知道这个思路对不对？
现在我得出的短read都是单序列，没有成对的，然后从头合成拼接的时候生成2500多条contig,而且最长的才300多bp，没有scafer生成，下一步不知道该怎么继续了，很茫然，请各位大牛帮忙，谢谢。。。

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求知。。。

1楼2012-07-27 11:44:02

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赖苏亮

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

7楼: Originally posted by nn219 at 2015-01-13 10:28:44
我们是先把原始数据做一个质控，然后用SOAPdenovo或CLC软件拼接成contig或scafford,然后找参考序列，挑出叶绿体序列，再手动拼接，gap一般可以用不同的拼接软件试下看能不能补齐。

另外，楼主可以告诉我SOAPdeno ...

你好！
我现在也在做叶绿体基因组拼接，我的思路跟你的很相似，请问如果先拼接然后再筛选出叶绿体序列，会不会由于软件的误差将核的跟线粒体的序列也拼进去，而导致拼接错误？
我看许多文献都是先用一个近缘物种的叶绿体基因组作为reference筛选叶绿体reads，然后再拼接的。