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叶绿体序列拼接 已有1人参与
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我现在有基因组数据、转录组数据，怎么提取出叶绿体基因，并且拼接成一个圆环啊？ 我开始是想先用一个从NCBI上下载的一个相近物种的叶绿体基因做reference，然后用soap2把基因组序列mapping到reference上，筛选出可能是叶绿体的短read，用soapdenovo将这些read拼接成contig，然后用BWA mapping在reference上，看有多少gap ，在gap两端设计引物做PCR，将gap补满，不知道这个思路对不对？ 现在我得出的短read都是单序列，没有成对的，然后从头合成拼接的时候生成2500多条contig,而且最长的才300多bp，没有scafer生成，下一步不知道该怎么继续了，很茫然，请各位大牛帮忙，谢谢。。。 |
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mycaas
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2楼2012-07-27 17:06:54