| 查看: 3375 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
叶绿体序列拼接 已有1人参与
|
||
|
我现在有基因组数据、转录组数据，怎么提取出叶绿体基因，并且拼接成一个圆环啊？ 我开始是想先用一个从NCBI上下载的一个相近物种的叶绿体基因做reference，然后用soap2把基因组序列mapping到reference上，筛选出可能是叶绿体的短read，用soapdenovo将这些read拼接成contig，然后用BWA mapping在reference上，看有多少gap ，在gap两端设计引物做PCR，将gap补满，不知道这个思路对不对？ 现在我得出的短read都是单序列，没有成对的，然后从头合成拼接的时候生成2500多条contig,而且最长的才300多bp，没有scafer生成，下一步不知道该怎么继续了，很茫然，请各位大牛帮忙，谢谢。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！
已经有13人回复
-
同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
已经有9人回复
- 基因定位--叶绿体-线粒体-细胞核？？？
已经有12人回复
- 请教：叶绿体、线粒体、细胞核DNA的相互关系
已经有7人回复
- 求助叶绿体线粒体分离提取
已经有11人回复
- 问有人会提叶绿体蛋白组吗？！（玉米更好）
已经有4人回复
- 【程序】Photoshop cs5的序列号生成器
已经有44人回复
- 【求助/交流】为什么用拼接软件，不能将我的序列拼接起来？
已经有9人回复
- 【求助/交流】恳求：如何进行序列拼接
已经有8人回复
- 【求助/交流】几个序列的拼接
已经有10人回复
- 【求助/交流】跪求小麦叶绿体DNA的提取方法
已经有5人回复
- [紧急求助]Matlab中的图像拼接
已经有8人回复
- 求助叶绿体基因组提取方法
已经有3人回复
- 【分享】测序结果拼接软件ContigExpress程序及使用方法
已经有128人回复
9楼2019-03-05 16:23:49
mycaas
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 6371.6
- 散金: 801
- 红花: 6
- 帖子: 586
- 在线: 549小时
- 虫号: 654016
- 注册: 2008-11-14
- 性别: GG
- 专业: 科学社会主义
2楼2012-07-27 17:06:54
xiaokoupu
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 325.5
- 散金: 15
- 帖子: 66
- 在线: 32.3小时
- 虫号: 1077764
- 注册: 2010-08-19
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2012-07-28 21:53:02
4楼2012-07-30 10:07:29
