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mochenmi

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教，转录组测序与基因组测序结果分析 已有2人参与

实验室测了一种真菌的转录组跟基因组。通过转录组的差异表达，老板给了我一个基因克隆，已经克隆到了。
现在老板叫我把这个基因跟基因组测序结果结合分析一下它的基因结构（好像就是想从基因组数据中得到这个基因的全长），请教大神该如何下手？详细一点，谢谢！
PS：我把转录组测出来的序列本地blast了基因组一下，比出了结果，完全一致。是不是说明没有内含子？
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1楼 2014-07-04 09:30:51
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whh2013

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-04 23:21:50
如果你用cDNA为模板扩的话，肯定没有内含子，你已经克隆到了基因，看看是不是ORF（就是有没有起始密码和终止密码子），然后就做3'和5'RACE了。
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2楼2014-07-04 14:07:20
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pudding9696

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以参考下这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7467723&fpage=1
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3楼2014-07-04 14:13:10
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by whh2013 at 2014-07-04 14:07:20
如果你用cDNA为模板扩的话，肯定没有内含子，你已经克隆到了基因，看看是不是ORF（就是有没有起始密码和终止密码子），然后就做3'和5'RACE了。

看是不是ORF我不太会，可以详细说一下嘛？我试过ORF Finder，不过结果看不太懂。
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4楼2014-07-07 19:27:09
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whh2013

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mochenmi at 2014-07-07 19:27:09
看是不是ORF我不太会，可以详细说一下嘛？我试过ORF Finder，不过结果看不太懂。...

http://web.expasy.org/translate/   把你的基因输到这个网站里，看看有没有起始密码（M）和终止密码（stop）,
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5楼2014-07-08 09:38:43
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