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从Amber生成的轨迹中抽取出蛋白和小分子的结构 已有1人参与
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| 请问Amber做完分子动力模拟后，用什么方法可以从Amber生成的轨迹中抽取出蛋白和小分子的结构，生成新的不含溶剂分子的轨迹文件 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
lmyiop: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-06-15 22:07:58
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-06-17 15:53:44
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Amber动力学模拟后的轨迹通常用AmberTools里的ptraj命令来处理，使用方法如下： ptraj prmtop script 这里的prmtop是你体系的拓扑文件，script是脚本文件，里面写轨迹处理的相关命令。比如我要导入轨迹的前500帧，去除水和离子（NA+），保存成pdb文件，script脚本可以这样写： trajin com_sol_md.mdcrd 1 500 1 strip ':WAT,Na+' trajout analog_movie_50.pdb pdb append 更多的命令请参考AmberTools手册。 希望能帮到你！ |
2楼2014-06-15 12:40:05