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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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[求助]
Gromacs关于能量最小化的问题！！！！！！！！
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我在能量最小化的过程中先用最速下降法，再用共轭梯度法进行进一步的收敛。然后，再进行位置限制性模拟。 我不知道我写的命令步骤细节对不对，是否有错，传上来让大虾们帮忙看看，感谢！！ 先用最速下降法： grompp_mpi -f minim.mdp -c psbo_solvent_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em 再用上面生成的em.gro做为输入，进行共轭梯度法： grompp_mpi -f minim_cg.mdp -c em.gro -p topol.top -o em_cg.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_cg 再用上面生成的em_cg.gro做为输入，进行位置限制性模拟 grompp_mpi -f pr.mdp -c em_cg.gro -p topol.top -o em_pr.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_pr |
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zhangmao511
铁虫 (小有名气)
| 顶一下！！ |
2楼2014-06-14 20:05:11
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
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3楼2014-06-22 23:04:07