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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么确定已知蛋白会与什么基因的启动子结合？
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tsyxy421

木虫 (正式写手)

[交流] 怎么确定已知蛋白会与什么基因的启动子结合？ 已有5人参与

RT，谢谢。
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沉稳扎实，勤奋刻苦。
1楼 2014-06-09 23:01:45
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wangpeng227

木虫 (小有名气)
ChiP-seq
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tsyxy421
2楼2014-06-09 23:36:01
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tsyxy421

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangpeng227 at 2014-06-09 23:36:01
ChiP-seq

谢谢你，小红花一朵！
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沉稳扎实，勤奋刻苦。
3楼2014-06-10 09:44:52
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 应助指数+1 2014-06-11 19:00:25
还有种emsa迁移实验

下面来自百度

凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA-electrophoretic mobility shift assay）是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。

通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。当检测 如转录调控因子一类的DNA结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时，依据目的RNA结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段（特异）， 和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
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tsyxy421
天行健
4楼2014-06-10 09:50:58
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tsyxy421

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-06-10 09:50:58
还有种emsa迁移实验

下面来自百度

凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSA-electrophoretic mobility shift assay）是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。

通常将纯 ...

谢谢
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沉稳扎实，勤奋刻苦。
5楼2014-06-10 10:36:24
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古月木木

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
DNA和蛋白互作很多方法，SPR, EMSA，酵母双杂交，我做过EMSA倒是很好用
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6楼2014-06-10 10:59:38
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wangpeng227

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 古月木木 at 2014-06-10 10:59:38
DNA和蛋白互作很多方法，SPR, EMSA，酵母双杂交，我做过EMSA倒是很好用

EMSA通常适合做已知蛋白和已知DNA序列的验证，用来筛选未知的DNA序列还是比较难
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7楼2014-06-11 12:39:23
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 古月木木 at 2014-06-10 10:59:38
DNA和蛋白互作很多方法，SPR, EMSA，酵母双杂交，我做过EMSA倒是很好用

EMSA不是验证实验吗？怎样找转录因子所调控的顺式作用元件呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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天道酬勤
8楼2014-06-11 12:56:58
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pangtaomk

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你可以把几个启动子的条件的试一下，看看那个条件表达了目的蛋白不就ok了
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9楼2014-06-12 10:36:36
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