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环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？ 已有1人参与
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想用gromacs中的gromos45a3力场算一个环己烷的体系，但是自己写了一个环己烷的itp文件，grompp时在报错，不知道问题出在哪里？格式不对么？求指教。。。 [ moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 [ bonds ] CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 [ angles ] CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 [ dihedrals ] CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17  图片1.png |
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2楼2014-05-06 11:28:40
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我按着格式修改后，mdrun后体系膨胀了，用的是npt系综，密度只有5.4kg/m3，而环己烷的是密度是779呢？问题出在哪里呢？求指教 ~~~~(>_<  ~~~~ [moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] ; nr at type res nr residu name at name cg nr charge 1 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 2 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 3 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 4 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 5 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 6 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 [ bonds ] ; i j funct length force.c. 1 2 1 0.1530 7.1500e+06 2 3 1 0.1530 7.1500e+06 3 4 1 0.1530 7.1500e+06 4 5 1 0.1530 7.1500e+06 5 6 1 0.1530 7.1500e+06 6 1 1 0.1530 7.1500e+06 [ angles ] ; i j k funct angle force.c. 1 2 3 1 111.00 530.00 2 3 4 1 111.00 530.00 3 4 5 1 111.00 530.00 4 5 6 1 111.00 530.00 5 6 1 1 111.00 530.00 6 1 2 1 111.00 530.00 [ dihedrals ] ; i j k l funct phi cp mult 1 2 3 4 1 0.000 5.92 3 2 3 4 5 1 0.000 5.92 3 3 4 5 6 1 0.000 5.92 3 4 5 6 1 1 0.000 5.92 3 5 6 1 3 1 0.000 5.92 3 6 1 2 3 1 0.000 5.92 3 |
3楼2014-05-08 08:32:21
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4楼2014-05-08 12:06:32
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T= 300K, 分子数目512 这是mdp文件 include = define = integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 10000000 comm-mode = Linear nstcomm = 10 nstlog = 1000 nstcalcenergy = -1 nstenergy = 1000 nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstxtcout = 1000 xtc-precision = 1000 energygrps = CYLH nstlist = 10 ns_type = grid pbc = xyz rlist = 0.8 coulombtype = cutoff rcoulomb-switch = 0 rcoulomb = 0.8 vdw-type = cutoff rvdw-switch = 0 rvdw = 0.8 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-05 ewald_geometry = 3dc epsilon_surface = 0 optimize_fft = yes Tcoupl = nose-hoover nhchainlength = 1 tc-grps = system tau_t = 0.4 ref_t = 300 ;Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.01325 andersen_seed = 815131 gen_vel = no gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 constraints = all-bonds |
5楼2014-05-08 16:46:28
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