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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-14 10:41:59
我觉得应该已经不是力场合适不合适的问题了,你看一下你的log文件的能量有没有奇奇怪怪的地方或者符号,还有看你最后的一个confout。gro构型,分子之间的间距是不是挺大的?...

确实,初始结构分子间距离是3.4 A,mdrun后是25 A左右,md.log文件没发现什么异常的地方呀!
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
11楼2014-05-14 19:58:24
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-14 19:58:24
确实,初始结构分子间距离是3.4 A,mdrun后是25 A左右,md.log文件没发现什么异常的地方呀!...

距离那么大,不应该,分子的范德华应该没那么弱啊
gromacs
12楼2014-05-14 20:42:42
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fish637

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-08 08:32:21
我按着格式修改后,mdrun后体系膨胀了,用的是npt系综,密度只有5.4kg/m3,而环己烷的是密度是779呢?问题出在哪里呢?求指教 ~~~~(>_<~~~~

;Name       nrexcl
CYLH        3


; nr   at type r ...

我想请教下,对于一个自己添加的分子,怎么确定ffbonded.itp和ffnonbonded.itp以及分子本身itp参数,初学者,江湖救急啊~
13楼2014-08-27 11:36:40
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