| 查看: 3000 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？ 已有1人参与
|
|||
|
想用gromacs中的gromos45a3力场算一个环己烷的体系，但是自己写了一个环己烷的itp文件，grompp时在报错，不知道问题出在哪里？格式不对么？求指教。。。 [ moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 [ bonds ] CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 [ angles ] CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 [ dihedrals ] CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17  图片1.png |
回复此楼» 猜你喜欢
时间戳又变了
已经有19人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有4人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有9人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有18人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
-
我面上完蛋了
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有25人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- tinker使用oplsaa力场的原子类型定义问题
已经有4人回复
- 请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题
已经有4人回复
- Gromacs怎么使用clayff力场？
已经有6人回复
- Gromacs中添加CHARMM力场
已经有41人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- 离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）
已经有4人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- Gromacs运行时itp文件语法出错
已经有5人回复
- gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
已经有8人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- gromacs oplsaa 力场中的原子类型
已经有6人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
|
我按着格式修改后，mdrun后体系膨胀了，用的是npt系综，密度只有5.4kg/m3，而环己烷的是密度是779呢？问题出在哪里呢？求指教 ~~~~(>_<  ~~~~ [moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] ; nr at type res nr residu name at name cg nr charge 1 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 2 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 3 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 4 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 5 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 6 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 [ bonds ] ; i j funct length force.c. 1 2 1 0.1530 7.1500e+06 2 3 1 0.1530 7.1500e+06 3 4 1 0.1530 7.1500e+06 4 5 1 0.1530 7.1500e+06 5 6 1 0.1530 7.1500e+06 6 1 1 0.1530 7.1500e+06 [ angles ] ; i j k funct angle force.c. 1 2 3 1 111.00 530.00 2 3 4 1 111.00 530.00 3 4 5 1 111.00 530.00 4 5 6 1 111.00 530.00 5 6 1 1 111.00 530.00 6 1 2 1 111.00 530.00 [ dihedrals ] ; i j k l funct phi cp mult 1 2 3 4 1 0.000 5.92 3 2 3 4 5 1 0.000 5.92 3 3 4 5 6 1 0.000 5.92 3 4 5 6 1 1 0.000 5.92 3 5 6 1 3 1 0.000 5.92 3 6 1 2 3 1 0.000 5.92 3 |
3楼2014-05-08 08:32:21
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-05-06 11:28:40
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
4楼2014-05-08 12:06:32
|
T= 300K, 分子数目512 这是mdp文件 include = define = integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 10000000 comm-mode = Linear nstcomm = 10 nstlog = 1000 nstcalcenergy = -1 nstenergy = 1000 nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstxtcout = 1000 xtc-precision = 1000 energygrps = CYLH nstlist = 10 ns_type = grid pbc = xyz rlist = 0.8 coulombtype = cutoff rcoulomb-switch = 0 rcoulomb = 0.8 vdw-type = cutoff rvdw-switch = 0 rvdw = 0.8 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-05 ewald_geometry = 3dc epsilon_surface = 0 optimize_fft = yes Tcoupl = nose-hoover nhchainlength = 1 tc-grps = system tau_t = 0.4 ref_t = 300 ;Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.01325 andersen_seed = 815131 gen_vel = no gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 constraints = all-bonds |
5楼2014-05-08 16:46:28
