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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写?已有1人参与

想用gromacs中的gromos45a3力场算一个环己烷的体系,但是自己写了一个环己烷的itp文件,grompp时在报错,不知道问题出在哪里?格式不对么?求指教。。。
[ moleculetype ]
;Name       nrexcl
CYLH        3

[ atoms ]
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0

[ bonds ]
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26

[ angles ]
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14

[ dihedrals ]
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17

环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写?
图片1.png
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你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
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fish637

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-08 08:32:21
我按着格式修改后,mdrun后体系膨胀了,用的是npt系综,密度只有5.4kg/m3,而环己烷的是密度是779呢?问题出在哪里呢?求指教 ~~~~(>_<~~~~

;Name       nrexcl
CYLH        3


; nr   at type r ...

我想请教下,对于一个自己添加的分子,怎么确定ffbonded.itp和ffnonbonded.itp以及分子本身itp参数,初学者,江湖救急啊~
13楼2014-08-27 11:36:40
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