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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？已有1人参与

想用gromacs中的gromos45a3力场算一个环己烷的体系，但是自己写了一个环己烷的itp文件，grompp时在报错，不知道问题出在哪里？格式不对么？求指教。。。
[ moleculetype ]
;Name       nrexcl
CYLH        3

[ atoms ]
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0
CH2 CH2  0.0 0

[ bonds ]
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26
CH2 CH2  gb_26

[ angles ]
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14
CH2 CH2 CH2 ga_14

[ dihedrals ]
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17
CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17

环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？
图片1.png
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼2014-05-06 10:20:46
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-14 10:10:23
那怎么破？力场不适合么？...

我觉得应该已经不是力场合适不合适的问题了，你看一下你的log文件的能量有没有奇奇怪怪的地方或者符号，还有看你最后的一个confout。gro构型，分子之间的间距是不是挺大的？
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gromacs
10楼2014-05-14 10:41:59
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-16 19:52:37
...itp格式不对，手册127页照着标准格式写
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gromacs
2楼2014-05-06 11:28:40
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:28:40
...itp格式不对，手册127页照着标准格式写

我按着格式修改后，mdrun后体系膨胀了，用的是npt系综，密度只有5.4kg/m3，而环己烷的是密度是779呢？问题出在哪里呢？求指教 ~~~~(>_<~~~~
[moleculetype ]
;Name       nrexcl
CYLH        3

[ atoms ]
; nr   at type res nr  residu name     at name cg nr   charge
   1     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027     
   2     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027     
   3     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027     
   4     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027     
   5     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027     
   6     CH2      1         CYLH        C2     1      0.0  14.027
   
[ bonds ]
; i     j       funct   length  force.c.
  1     2        1     0.1530  7.1500e+06
  2     3        1     0.1530  7.1500e+06
  3     4        1     0.1530  7.1500e+06
  4     5        1     0.1530  7.1500e+06
  5     6        1     0.1530  7.1500e+06
  6     1        1     0.1530  7.1500e+06

[ angles ]
; i     j       k       funct   angle   force.c.
  1     2       3         1     111.00      530.00
  2     3       4         1     111.00      530.00
  3     4       5         1     111.00      530.00
  4     5       6         1     111.00      530.00
  5     6       1         1     111.00      530.00
  6     1       2         1     111.00      530.00

[ dihedrals ]
;  i    j    k     l     funct      phi         cp         mult
   1    2    3     4       1      0.000       5.92          3
   2    3    4     5       1      0.000       5.92          3
   3    4    5     6       1      0.000       5.92          3
   4    5    6     1       1      0.000       5.92          3
   5    6    1     3       1      0.000       5.92          3
   6    1    2     3       1      0.000       5.92          3
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
3楼2014-05-08 08:32:21
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-08 08:32:21
我按着格式修改后，mdrun后体系膨胀了，用的是npt系综，密度只有5.4kg/m3，而环己烷的是密度是779呢？问题出在哪里呢？求指教 ~~~~(>_<~~~~

;Name       nrexcl
CYLH        3


; nr   at type r ...

具体的设置是什么，分子数目，温度
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gromacs
4楼2014-05-08 12:06:32
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