| 查看: 1162 | 回复: 3 | ||
| 本帖产生 1 个 博学EPI ，点击这里进行查看 | ||
甜甜的89木虫 (小有名气)
|
[求助]
测序之后如何构建进化树?
|
|
| 测序完成后,都需要用哪些软件构建进化树,要详细过程 |
回复此楼» 猜你喜欢
材料295
已经有11人回复
-
322求调剂
已经有6人回复
-
调剂0855-288
已经有4人回复
-
085601一志愿北理325分求调剂
已经有6人回复
-
357求调剂
已经有12人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有9人回复
-
268求调剂
已经有5人回复
-
343求调剂
已经有8人回复
-
电子信息调剂交叉学科有推荐吗
已经有5人回复
-
350一志愿北京航空航天大学08500材料科学与工程求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 手把手教你用mega构建优质进化树
已经有423人回复
- 利用MEGA5.2对一株细菌16SrDNA构建系统进化树，结果发现与BLASTN结果差的好远
已经有7人回复
- 有关构建细菌发育树的序列问题
已经有8人回复
- 急~用MEGA构建的进化树上面数值好多都是0，这个是什么意思
已经有8人回复
- 微生物鉴定之后怎么样建立系统发育树
已经有7人回复
- 测序结果很奇怪
已经有8人回复
- 发表sci文章 用mega构建进化树专业吗
已经有15人回复
- mega5.1构建进化树(已整合最大似然法构建进化树)
已经有8人回复
- 急！NCBI的使用和进化树构建求助
已经有4人回复
- 如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
已经有386人回复
- 进化树及序列上传相关问题
已经有9人回复
- 构建进化树过程中，我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对？
已经有5人回复
- 关于系统进化树构建方法的求助
已经有8人回复
- 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
已经有15人回复
- 微生物多样性研究的几个问题
已经有10人回复
- 【求助】进化树的构建到底有什么意义呢？
已经有12人回复
- 【原创】原创之七：【图文】系统进化树的构建及编辑【已搜索无重复】
已经有377人回复
- 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢
已经有8人回复
- 【原创】mega建树方法
已经有225人回复
- 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的
已经有12人回复
- 【求助/交流】如何菌类鉴定
已经有10人回复
- 【求助/交流】做进化树时如何选择菌株？
已经有10人回复
- 【求助/交流】系统进化树
已经有16人回复
gufeng2008
金虫 (小有名气)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 1116.6
- 红花: 2
- 帖子: 163
- 在线: 366.6小时
- 虫号: 2815048
- 注册: 2013-11-20
- 专业: 生物化学
2楼2014-04-01 09:45:49
炼狱之火
至尊木虫 (知名作家)
逆水行舟，不进则退
- 博学EPI: 52
- 应助: 258 (大学生)
- 贵宾: 0.228
- 金币: 13217.6
- 散金: 1402
- 红花: 44
- 沙发: 4
- 帖子: 6185
- 在线: 787.9小时
- 虫号: 2862838
- 注册: 2013-12-11
- 专业: 催化化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
甜甜的89: 金币+50, 博学EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-06-24 11:44:47
甜甜的89: 金币+50, 博学EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-06-24 11:44:47
|
MEGA构建系统进化树的步骤 MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）： 1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。 3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。 4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes。 5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。 6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。 一般说来，MEGA适用于对少量的序列进行比对和画Tree，如需处理大量或海量的序列数据，建议使用ARB。 如转载，请以超链接形式注明：转载自有个博客 [ https://www.yelinsky.com/blog/ ] 本文链接地址：https://www.yelinsky.com/blog/archives/282.html |
3楼2014-04-01 11:23:34
wolfghost
版主 (知名作家)
- 博学EPI: 432
- 应助: 101 (高中生)
- 贵宾: 7.987
- 金币: 36647.2
- 散金: 11283
- 红花: 198
- 沙发: 8
- 帖子: 7791
- 在线: 1298小时
- 虫号: 573180
- 注册: 2008-06-13
- 性别: GG
- 专业: 电化学
- 管辖: 有奖问答
4楼2014-06-05 15:42:45
