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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock柔性对接
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anyachan

木虫 (小有名气)

[求助] autodock柔性对接 已有1人参与

用autodock做柔性对接，对接结果中柔性残基和配体在一起，然后和受体放一块柔性残基等于是重复了，把柔性残基去掉吧分析相互作用又不对了，难道要把刚性受体中的那几个残基替换成柔性？还是说我做的有问题？我一直做结果都是把配体和柔性残基放一块了，哪里错了吗？
不知道我说的清楚不，非常感谢！
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1楼 2014-03-20 15:40:17
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-03-21 08:43:28
说的不是很清楚:-)
...

就是dlg文件中除有配体小分子的结构外，还有定义的柔性残基，这样直接去掉的话分析与受体的作用时这些氨基酸是初始的构象而不是考虑柔性后的，谢谢耐心解答~
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5楼2014-03-21 09:07:17
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-03-21 16:36:18
anyachan: 金币+5, ★有帮助 2014-03-23 18:27:59
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-20 17:06:14
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-20 17:06:14
据我所知 autodock好像是做半柔性对接的

那我这个问题到底是怎么回事呢？
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3楼2014-03-21 08:34:21
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-03-21 08:43:28
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