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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 模版GC含量高，二级结构复杂，PCR扩不出来
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fanwq258

木虫 (正式写手)

[求助] 模版GC含量高，二级结构复杂，PCR扩不出来 已有1人参与

如题，我的两个基因GC含量74%，75%左右，75%的扩出来了，但是74%这个怎么弄也扩不出来，用的TAKARA的primestar HS with GC buffer。 二级结构预测用的RNA structure 。
模版GC含量高，二级结构复杂，PCR扩不出来
图片1.png

[ Last edited by fanwq258 on 2014-3-7 at 10:04 ]
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
1楼 2014-03-07 09:31:06
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2014-03-07 13:38:51
可能是引物设计的不是很好，在退火温度条件下预测一些你的目的片段的二级结构，设计引物时尽量避开这些二级结构。另外，我用sangon的高GC的Mix扩增出GC%为78%的片段，如果引物设计没有问题，不妨换一下产品试试
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rainwater
2楼2014-03-07 11:27:07
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平凡乌托邦

铁虫 (正式写手)
加DMSO和甘油试试！
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理想很丰满，现实很骨感
3楼2014-03-09 17:10:51
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小尾巴亚杰

金虫 (小有名气)
我用PrimerSTAR和他的GCbuffer扩，把退火温度调到60度，你在试试，有时候加一些DMSO,Mg离子，效果也是不错的
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4楼2014-03-11 15:51:56
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小尾巴亚杰 at 2014-03-11 15:51:56
我用PrimerSTAR和他的GCbuffer扩，把退火温度调到60度，你在试试，有时候加一些DMSO,Mg离子，效果也是不错的

你是说三步法吗？
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
5楼2014-03-11 22:27:29
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小尾巴亚杰

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fanwq258 at 2014-03-11 22:27:29
你是说三步法吗？...

是的
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6楼2014-03-12 10:34:00
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